「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

B級映画専門の売れない俳優ジェイクは、オーディション会場で同じ俳優であるサムと知り合うが、公演で旅に出る間、彼の家の留守番を頼まれる。豪華なサムの家に見とれるジェイクだったが、予期せぬおまけがあった。望遠鏡で隣をのぞくと、セクシーな女性グロリアの寝室が丸見えになるのだ。夜な夜な彼女に熱い視線を送るジェイクだったが、ある夜彼はグロリアが何者かに脅される現場を目撃し、ほどなく彼女は惨殺されてしまう。

更生施設でカウンセラーとして働くマギーはある日、眠りを拒む少年・ジョンと出会う。彼からエルム街の悪夢や殺人鬼・フレディについて聞いたマギーは、その話と自分が見た悪夢が似ていることに気づき、悪夢の秘密を解くため、ジョンが話していた町に向かう。