城岩学園3年B組の中学生たちは、修学旅行の名目で孤島へ。彼らの前に現われた担任教師キタノは、新世紀教育改革法、通称“バトル・ロワイアル（BR）法”により、殺し合いをさせると生徒たちに宣言。生還できるのは最後に生き残った1人だけだった。生徒たちはそれぞれ最低限の武器と食料を与えられ、3日間のサバイバルに追いやられる。男子生徒の七原と女子の中川は謎の転校生・川田と、なんとかこの窮地を脱する方法を探る。

指紋から、ジグソウの後継者はFBI捜査官ストラムではないかと言われ、後継者へ引き継がれてきたジクソウの事件は終わったかに見えた。しかし、ストラムの上司だったFBI捜査官エリクソンは、疑問を抱き、ホフマン刑事に近づく。一方、ジグソウの元妻ジルは、亡き夫から残された遺言と遺品をどう扱うか考えていた。しかし、彼女の決心もようやく固まった。折から新しいゲームが始まった。このゲームのモニターを最前列で見ているのは、いったい誰なのだろうか？

地下鉄の線路上。舌を固定され、宙吊りの男。舌を引き抜いて生きるか、ぶらさがったまま死ぬか？猛スピードの電車が轟音を立てて迫り、やがて無残にも男の体は四散する。それはジグソウを凌駕する猟奇犯が仕掛けた、新たなゲームの始まりだった――。ターゲットは《全て警察官》。不気味な渦巻模様と青い箱が、捜査にあたるジークと相棒ウィリアムを挑発する。やがて、伝説的刑事でありジークの父・マーカスまでもが姿を消し、追い詰められていくジーク。ゲームは追うほどに過激さを増し、戦慄のクライマックスが待ち受ける。

無作為に選ばれた中学3年の1クラスを最後まで殺し合わせる新世紀教育改革法・通称“BR法”。その極限状況を生き延びた七原秋也は数年後、反BR法のテロ集団“ワイルド・セブン”を組織し首都を爆破、すべての大人たちに宣戦布告する。一方大人たちは通称“BRII”と呼ばれる新法を制定、孤島に立てこもる七原たちに、札付きの不良ばかりが集まる1クラスを送り込む。だが、その生徒たちには、1．七原を殺せば勝ち、2．制限時間は三日間、3．ペアを組み一方が殺されればもう一人も爆死する、というあまりにも非情なルールが課せられていた…