宗教象徴学者ラングドンは、教皇選挙を控えたバチカンから協力を要請される。かつて自分と険悪だったバチカンからの依頼に戸惑う教授だが、その内容は深刻なものだった。以前、バチカンの弾圧で解体された秘密結社イルミナティが復活し、テロを仕掛けたというのだ。有力枢機卿4人を誘拐した彼らは、1時間ごとにひとりを殺害すると宣言。さらに彼らは欧州原子核研究機構から恐るべき破壊力を持つ《反物質》を盗み出したと言う。

実際に世界各地で起きている“聖痕現象（スティグマ）”を、初めて映画化した超常スリラー。平凡な一女性・フランキーは、ある日突然両腕から原因不明の出血をする。すべてはここから始まった……。

大学に入学したばかりのジョシュは哲学クラスの授業初日、ニーチェなどの無神論者を信奉するラディソン教授から神はいないという宣言書を提出するように言われる。単位が取れないと危惧した生徒たちは宣言書を提出するものの、納得できないジョシュだけは拒否。そんなジョシュに対して教授は、生徒たちの前で神の存在を証明して見せろと迫る。