その惑星を制する者が全宇宙を制すると言われる砂の惑星デューンで繰り広げられたアトレイデス家とハルコンネン家の戦い。ハルコンネン家の陰謀により一族を滅ぼされたアトレイデス家の後継者ポールは、ついに反撃の狼煙を上げる。砂漠の民フレメンのチャニと心を通わせながら、救世主として民を率いていくポールだったが、宿敵ハルコンネン家の次期男爵フェイド＝ラウサがデューンの新たな支配者として送り込まれてくる。

銀河共和国と分離主義勢力の対立が生んだクローン大戦勃発から3年後。共和国のパルパティーン最高議長が分離主義者ドゥークー伯爵に誘拐された事件を、ジェダイ騎士オビ＝ワンとその弟子アナキンは解決。騎士として認められたアナキンだが、ジェダイと対立するシスのパルパティーンはフォース（理力）のダークサイド（暗黒面）にアナキンを誘い込む。同じころ、アナキンと結婚したパドメはアナキンの子どもである双子を身ごもる。

第2デス・スターが破壊されたエンドアの戦いから約30年後。銀河帝国が滅びる大きな要因を作ったとされるジェダイの騎士ルーク・スカイウォーカーが姿を消した。その間、銀河帝国軍の残党から新たに台頭した「ファースト・オーダー」と呼ばれる組織が、再び銀河に脅威をもたらしていた。ルークの双子の妹であるレイア・オーガナ将軍は、新共和国の支援の下で独自の軍事組織「レジスタンス」を指揮してファースト・オーダーに立ち向かうと共に、兄ルークの行方を捜索していた。

伝説のジェダイ、ルーク・スカイウォーカーが現れる。フォースが覚醒したレイは彼のもとで修行を重ね、やがてダース・ベイダーを継ごうとするカイロ・レンとの決戦に挑んでいくのだった。二人は“光"と“闇"のせめぎ合いの中で揺れ動き、互いに苦悩する。そんな中、スノークが率いる銀河の支配をもくろむ組織ファースト・オーダーとレイア・オーガナが指揮する同盟軍レジスタンスの銀河を二分する戦闘はますます激化していく。

カーク船長率いるエンタープライズ号は、未踏の星に不時着した探査船を捜索していた。すると突然、謎の異星人・クラールがエンタープライズ号を襲撃。カークたちは脱出するも、艦は墜落し、クルーは散り散りになってしまう。不時着した見知らぬ惑星で、カークは約100年前に消息を絶ったエディソンが乗艦していたフランクリン号を発見。そこには、あるものが残されていた。

遠く離れた小さな星の片隅にある静かな農村に、マザーワールドの冷酷無慈悲な軍勢が侵攻。この危機を救える唯一の希望は、謎めいた過去を持つある女性に委ねられる。