És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
Any 1870. El capità Nathan Algren, un veterà de la guerra civil americana, va al Japó amb la missió d'ensenyar els japonesos com funcionen les armes que els venen els americans. La prioritat de l'emperador japonès, que vol modernitzar el seu país, és acabar amb els últims samurais. Katsumoto, l'últim líder d'aquest llinatge, captura el capità Algren, que ha resultat ferit. Durant la convalescència, Algren i Katsumoto establiran una relació que durà l'americà a aprendre el codi d'honor i les tradicions dels antics guerrers japonesos.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
Una parella de policies de Nova York viatja al Japó per entregar un mafiós a la policia nipona, però aquest aconsegueix escapar-se. De manera obsessiva decideix quedar-se al Japó per capturar-lo, però xoca amb les tradicions del país.
En Frank Martin és un antic membre de les forces especials que es guanya la vida com a transportista de persones i mercaderies. Un amic li encarrega de fer de xofer per a una família rica, els Billing, i portar el fill a escola. Sembla que es tracta d’una feina senzilla, però tot es complica quan algú segresta el nen.
El Nico és un emigrant italià que va aprendre arts marcials amb mestres orientals i va ser reclutat per la CIA. Va lluitar al Vietnam i va ser agent de policia a Chicago fins que el van expulsar per infringir les normes.
La pel·lícula, basada en la popular sèrie de televisió dels anys 70, explica la història de Natalie, Dylan i Alex, tres investigadores privades d'elit que treballen per un home misteriós a qui anomenen Charlie. Els tres àngels de Charlie busquen un home que han segrestat. Es tracta de Knox, un geni de la informàtica.
Elektra (Jennifer Garner), després de recuperar-se de les mortals ferides sofertes a Daredevil, es converteix en la més perillosa assassina del món. Un cop assignada la seva darrera missió, Elektra prendrà una decisió que portarà la seva vida en una nova direcció... o la destruirà per sempre.