オゾン層が破壊され危険な太陽光が降り注ぎ、原子力事故により地表が放射性物質で汚染され、人類が地下に住むようになった世紀末後の未来の都市が舞台。 あるカルト教団の施設「聖NOVA'S CHURCH」を襲撃、制圧した武装警官隊。その中の警官2人は、教団施設の奥で翼の生えた少女を発見する。2人は彼女を救助するも、研究資料として今度は政府機関の施設に連れ去られてしまった。2人は彼女を空へ帰そうと奮闘する。都市の出口には「注意阳光！」「不保障生命」という警告が示されていたが、それでも自らの犠牲を厭わず突き進んで行った。

リトル家の一員として迎えられた子ねずみスチュアート。だが、一家には新たな娘マーサが生まれ、パパやママも赤ちゃんにかかりきり。スチュアートが寂しい思いを感じるある日、彼は通学の途中、空から落ちてきた小鳥のマーガロを助ける。彼女はNYの空に君臨するタカのファルコンに襲われたという。傷ついたマーガロを家に連れ帰り、つきっきりで看病するスチュアート。やがて彼はマーガロに種族を越えた恋心を抱き始める。