1976年、米サンフランシスコ。アーティストを夢見る15歳の少女ミニー・ゲッツは、自分のルックスにコンプレックスを抱き、なかなか男の子と話ができず悩んでいた。そんなある日、母親の彼氏であるグータラだけどかっこいい中年男モンローに思わず、セックスをおねだり！バージンを捨て、心がはずみっぱなしのミニーは、絵を描いたり、日記代わりに使っているテープレコーダーに自分の想いや出来事を赤裸々に吹きこんでいく。しかし、それを思いがけない人に聞かれてしまい・・・。

トップハム・ハット卿が休暇で暫くの間ソドー島を離れる事になり、『シャイニング・タイム駅』の駅員『ミスター・コンダクター』が、局長代理として島へ来ることになった。トーマスたち機関車は彼を歓迎するものの、極悪非道なディーゼル機関車、ディーゼル10も謎の機関車『レディー』を捕まえるべくソドー島に帰って来ていた。そのレディーは、マッフル・マウンテンに住むバーネット・ストーンが洞窟に隠していた。彼は以前、この機関車を守るようコンダクター家に頼まれていたが、数年前、レディーを酷い目に合わせてしまい、それ以来山に閉じ籠ってしまう。ソドー島では、誰もがディーゼルに脅える中、やっとミスターコンダクターがソドー島に到着する。しかし、ソドー島とシャイニング・タイムを行き来するのに必要な『魔法の粉』が底を尽きてしまい、ピンチを迎えてしまう。

巨大な河のほとりで、人類は目覚めた。地球に生まれ、死んでいった者全てが、過去の記憶を持ったままその河辺で蘇った。まさに宗教入っちゃいました系な復活だったが…河岸には謎の物質生成機が点々と設置され、そこから生成されたのは弁当とタオル地の服。どうも何者かが怪しい目的で皆を「製造」したらしいのだ。かくて野蛮で猥雑な人類の歴史が、未知の河のほとりで再開された。そんな折、元宇宙飛行士のジェフは「蒸気船を建造して源流まで冒険しよう」という男に出会う。そこには彼らを作った超文明人たちがいるはずなのだ…。