És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
En una megalòpolis de l'any 2000, els obrers estan condemnats a viure reclosos en un gueto subterrani, on hi ha el cor industrial de la ciutat. No obstant això, incitats per un robot, es rebel·len contra la classe dominant i amenacen de destruir la ciutat exterior. Freder (Gustav Frölich), el fill del sobirà de Metròpolis, i Maria, una noia d'origen humil, intentaran evitar la destrucció apel·lant als sentiments ia l'amor.
Som al segle XXI. Ha estat descobert a la Lluna un misteriós artefacte alienígena que envia senyals en direcció Júpiter. Per tal de descobrir la natura de les emissions, la nau Discovery hi és enviada.
Deckard era un Blade Runner; un policia encarregat d'encalçar i eliminar replicants, androides creats artificialment. Els seus serveis són requerits quan quatre replicants sobrepassen les barreres d'immigració i arriben a la Terra.
En un estrany i depriment univers futurista on regnen les màquines, una mosca cau dins d'un ordinador i canvia el cognom del guerriller Harry Tuttle (Robert de Niro) pel tranquil pare de família Harry Buttle, que és detingut i assassinat per l'aparell repressor de l'Estat. El tranquil buròcrata Sam Lowry (Jonathan Pryce) és l'encarregat de tornar un taló a la família de la víctima, circumstància que permet conèixer Jill Layton (Kim Greist), la dona dels seus somnis. I, mentre la persegueix, fa amistat amb Harry Tuttle i es converteix en el còmplice.
Una noia, Sarah Connor, reb la visita d'un ciborg del futur que te la missió de matar-la. Per tal d'ajudar-la, un home també és enviat des del futur.
La ciutat de Londres viu sota l'amenaça d'un assassí en sèrie que mata dones estrangulant-les amb una corbata. Després del brutal assassinat de la seva exdona, amb qui mantenia una relació tensa, un home anomenat Richard Blaney esdevé el principal sospitós de la policia. Acusat injustament del crim, en Richard aconsegueix escapar. Comença llavors una cursa precipitada per provar la seva innocència mentre es manté lluny de l'abast de la policia.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
Chicago, any 2035. Els humans viuen en completa harmonia amb els robots, que fan les tasques de la llar, es cuiden dels nens i faciliten la vida de les persones. Els robots no suposen cap perill perquè estan programats per les Tres Lleis de la Robòtica, que els impedeixen fer mal als humans. Però inesperadament un robot resulta implicat en l'assassinat d'un científic. L'inspector de policia Del Spooner investiga el cas amb l'ajuda de la doctora Susan Calvin, especialitzada en la psicologia dels robots. El seu objectiu final serà evitar un complot a través del qual els robots dominarien la raça humana.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
Ja fa dos anys des que la Enterprise acabés la seva missió. La majoria de la tripulació resta a la Enterprise millorant-la sota la supervisió del nou capità en funcions William Decker. En James T. Kirk ha estat ascendit a almirall, el Dr. McCoi ara és un metge civil, l'Spock resta a Vulcà practicant el Kolinahr. Un misteriós núvol d'energia és detectat en espai Kinglon i sembla dirigir-se a la Terra, destruint pel camí tres naus Klingon classe K't'inga i l'estació Epsilon 9. Un cop més, la nau estel·lar Enterprise salparà a la recerca del desconegut, aquest cop per a intentar salvar la Terra.