大晦日のニューヨーク。今日もディーク刑事は女装して3人組の強盗を、相棒のフォックス刑事と共に捕えた。同じ日のロンドン。あるデパートがテロリストに狙われた。犯人はウルフガーと名のり、政府の植民地政策に対するテロ運動として、さらなる予告的声明を発言した。年が明け、ディークは、別れた妻でデザイナーとして働いているアイリーンを訪ね、真意を打ち明けるが、彼女は死と背中合せのディークの仕事に耐えられないと自分の気持を告げた。一方、ロンドンではウルフガーと組織の男が警察の手入れをうけるが、マシンガンで逆に反撃し逃亡した。

人間型ロボット・レイバーの衰退を受け、ついに解隊が現実味を帯びてきた警視庁特車二課パトレイバー中隊。ある日、テロ集団が自衛隊のへリコプターを奪い去るという事件が発生する。しかも、奪われたのは機関砲、空対地ロケット、ミサイルをフル装備した上に、熱工学迷彩仕様で背景と同化ことができる最新鋭の改グレイゴーストことAH-88J2だった。都民を人質にするかのように、東京都庁やレインボーブリッジが破壊され、特車二課はパトレイバー・イングラムを稼働させる。

訓練中に軍のステルス戦闘機が盗まれた。そして、優れた戦闘能力を持つジョンが兵器奪還すべく立ち上がるが、そこには大きな陰謀が隠されていて……。スティーヴン・セガール主演の人気アクション・シリーズ。