あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

Mr.インクレディブルことボブ・パーと妻のヘレンは、かつて世の中の平和を乱す悪と闘い、人々を危機から救い出す大活躍をしていた。ところが、15年前のスーパー・ヒーロー制度廃止を機に、夫妻は一般市民として暮らすことを余儀なくされ、3人の子供たちヴァイオレット、ダッシュ、ジャック・ジャックと共に、“普通”の家族生活を送ろうと努力していた。再び世界を救うことを夢見続けるボブの元に、ある日、謎の手紙が届く。それは、彼と彼の愛する家族にとって、想像を絶する冒険の始まりだった…。

舞台は人々の欲望が渦巻く街――東京。 悪い大人たちを改心させているという「心の怪盗団」の存在が人々の間で噂されるなか、世間では物騒な事件が立て続けに発生していた。 そんなある日、「怪盗お願いチャンネル」に届いた1通の依頼をきっかけに、異世界の舞台に4人の高校生と1匹の黒猫が動き出す――。 原作ゲームともリンクする、完全オリジナルストーリー。

パリのエッフェル塔がテロリストに占拠された！　取材に向かっていたロイスを救うため、クラークはスーパーマンに変身して、仕掛けられた核爆弾を地球圏外へ放り投げた。しかしその爆破は思わぬ結果を引き起こした。故郷クリプトン星を追放され、ファントム・ゾーンに閉じ込められていたゾッド将軍ら３悪人を自由にしてしまったのだ。超能力を利用して地球征服を企む３人。ロイスとの愛を実らせるため、一度は超能力を捨て、普通の人間になったクラークだったが、危機に瀕した世界を前に、３悪人の企みに立ち向かう──！

西暦2047年。調査救助船が海王星への極秘任務に飛び立った。その目的は7年前に海王星で消息を絶った超深度宇宙探査船イベント・ホライゾン号の救助であった。実はイベント・ホライゾンには重力制御による新航法システムが取り入れられており、今回の作戦に特別参加したウェアー博士はそのシステムの開発者だった。やがて海王星でイベント・ホライゾンの姿を捕えた一行は船内に侵入するが、同時にクルーが幻覚や幻聴に苛まれるようになっていた。

画期的な人工皮膚の研究をしていたペイトン。恋人の弁護士ジュリーが研究所に持ち込んだ書類がきっかけとなり麻薬組織に襲われ研究所諸共爆破され全身を焼かれたまま、爆破の衝撃で吹き飛ばされ行方不明となってしまう。死んだと思われていたペイトンだが身元不明の重傷者として病院に収監されていた。意識を取り戻したペイトンは復讐心に駆られ病院を脱走しかつて研究していた人工皮膚を利用し、誰にでもそっくりに化けることができる事が可能となる。人工皮膚を使い醜い焼けどの化け物に自分をした麻薬組織への復讐を始めるのだった。

19世紀末、アフリカで隠遁生活を送っていたアラン・クォーターメインは英国からの要請を受けて帰国を果たす。ロンドンでは“M”を名乗る人物によって、国際的な武器密輸組織を率いる仮面の男ファントムを逮捕するため「超人同盟」の会合が開かれていた。ファントムの組織に襲撃を受けた超人同盟は、米国スパイのトム・ソーヤーを加えてこれを撃退しファントムを追跡する。

架空の未来都市チャンピオン・シティ。ここに暮らす3人のダメ人間、ミスター・フューリアス、ブルー王子、シャベラーは、スーパーヒーロー・キャプテン・アメージングに憧れ、彼のようになることを夢みて活動していた。しかし、そのキャプテン・アメージングの実体は、商業主義にどっぷり漬かった最低の俗物だった。そんなある日、キャプテン・アメージングが世紀の大悪党カサノバに拉致されてしまう。それを知った3人はカサノバの魔の手から街を守るべく立ちあがる。

天才科学者のリチャーズは、元恋人のスー、スーの弟でパイロットのジョニー、そして親友のベンとともに、宇宙に出て実験を行うことになった。だが事故により宇宙線を浴びて4人とも超能力を得てしまう。彼らはこの力を世のために役立てようと考え、スーパーヒーローチーム「ファンタスティック・フォー」を結成する。

巨大コンピュータとの戦いを描くシリーズ第3弾。超高性能コンピュータを開発して世界の富を手に入れようと企む大企業の社長ウェブスターは、天才プログラマーのゴーマンを仲間に引き込み、気象衛星をコントロールすると南米上空に豪雨を降らせコーヒー畑を壊滅させようとする。しかし駆けつけたスーパーマンに作戦を阻止されたウェブスターたちは、彼の弱点であるクリプトナイトの存在を突き止めた。クリプトナイトの影響で、スーパーマンの心に悪が芽生え始めた頃、ウェブスターたちはグランド・キャニオンにスーパー・コンピュータの要塞を作り上げていた……。