De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.
De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.
In 1997 is New York omgevormd tot een maximum security gevangenis. Nadat het presidentiële vliegtuig boven de stad door criminelen is neergehaald, krijgt de cynische bankrover Snake Plissken een aanbod. De president redden uit handen van de bendes in ruil voor zijn vrijheid.
Een psychisch instabiele jonge man, die aan de medicijnen is, gelooft dat aliens een aanval op planeet aarde beramen. Na zelf een onderzoek te hebben gedaan, door naar B-films te kijken en niet alledaagse boeken te lezen, is hij ervan overtuigd dat de leider van de aliens zich al op aarde bevindt, vermomd als succesvol zakenman bij een grote onderneming.
De stad wordt opgeschrikt door twee terroristische aanslagen. Enerzijds trachten Motoko en Batou een terroristische organisatie te stoppen die een gedeelte van de stad probeert in te nemen. Anderzijds onderzoekt Togusa een bomaanslag op een dam, waarbij een man met een prothetisch been is omgekomen. Ogenschijnlijk lijken de zaken niet met elkaar te maken te hebben, maar langzaamaan wijzen alle sporen naar de nieuwe liefde van Motoko, Akira Hose, een specialist in prothetische onderdelen.
Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.
In een stad waar misdaad en corruptie aan de orde van de dag zijn wordt een gewetenloze officier van justitie op beestachtige wijze vermoord. Hij wordt uit een gebouw gegooid en valt op zijn nieuwe auto.
Grijp de geheime gegevens van de rebellen met behulp van de Surface! Er is een lek dat zegt dat de gigantische onderneming Ishimiya Industry een daad van internationaal terrorisme zal begaan, en Motoko Kusanagi en de Armored Riot Police gaan erop uit om de pluggegevens in beslag te nemen!
Vier gevallen robot gladiatoren worden gered van de schroothoop, veranderd in een elitegroep huurlingen en op een missie gestuurd om een nieuw tijdperk van verlichting te bewerkstelligen in een post-apocalyptisch universum.
In een toekomstloze wereld vindt een schroothandelaar een robothoofd. Hij neemt het mee voor zijn vriendin, zodat ze het kan gebruiken voor een kunstwerk. Het robothoofd blijkt echter in staat zichzelf volledig te repareren en slaat aan het moorden.
Het Amerika van de 21ste eeuw is vervallen tot een ware nachtmerrie, waarin ordeloosheid en een dodelijke plaag regeren. Alleen Pearl Prophet, half-mens/half-robot, bezit de kennis om een vaccin tegen de ziekte te ontwikkelen. Maar tijdens haar zoektocht wordt zij gevangen genomen door een mensenetende bende onder leiding van Fender Tremolo (Vincent Klyn), die het vaccin voor zichzelf willen houden om de wereld te domineren. Maar gelukkig is er de zwaardvechtende held Gibson Rickenbacker (Jean Claude van Damme) die met ware doodsverachting het ultieme kwaad zal bestrijden...
Hiroshi is een briljante geneticaspecialist. De man is in zijn eentje miljarden dollars waard, en zijn kennis wordt fel begeerd door alle topbedrijven. Dat is dan ook de reden waarom drie kopstukken uit de wereld van bedrijfsspionage jacht maken op de Japanner. Hij blijkt moeilijk te benaderen, maar ze weten dat hij valt voor brunettes. Als medewerker van Maas Corporation wordt hij wereldwijd beschermd door agenten die grof geld niet uit de weg gaan.