Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog hebben de gunfighter Blondie (‘The Good’) en de gezochte Mexicaanse outlaw Tuco (‘The Ugly’) een deal gesloten: Blondie levert Tuco aan een sheriff uit, strijkt de hoge beloning op, redt hem dan op het nippertje van de strop en slaan vervolgens op de vlucht.
James "Jimmy" Shannon zit met zijn zakenpartner Billy Meekin financieel helemaal aan de grond, als een advocaat opduikt met de papieren over de erfenis van zijn grootvader. De goede man laat aan Jimmy maar liefst 7 miljoen dollar na, echter op één voorwaarde, namelijk dat Jimmy getrouwd moet zijn op zijn 27ste verjaardag vóór 19:00 uur.
De strenge kolonel Thursday wordt overgeplaatst naar Fort Apache, een geïsoleerde buitenpost van het leger. Hij wordt er de meerdere van de populaire kapitein York. Omdat Thursday van mening is dat er niet genoeg discipline in het kamp heerst, stelt hij de jonge luitenant O'Rourke tot ideaal voorbeeld.
Michael is een verkoper van koffie en hij is een voorbeeld voor de arbeidersmoraal. Niets kan hem van zijn werk afhouden, zelfs auto-ongelukken, laboratorium-proeven, fysieke martelingen en verleidelijke klanten niet.
Het is 1863, ten tijde van de Amerikaanse Burgeroorlog. De wrede en gehate kapitein Roper van de Noordelijken moet in het afgelegen en door Mescalero Apachen bedreigde Fort Bravo, Arizona, een groep krijgsgevangenen van de Zuidelijken bewaken. Wanneer op een dag de zeer aantrekkelijke Carla Forester het fort bezoekt, weet ze Ropers sympathie te winnen. Carla heeft echter een geheime missie, waar John Marsh, de gevangen genomen kapitein van de Zuidelijken, deel van uit maakt.
Nadat hij heeft geholpen om van Californië de 31ste staat van Amerika te maken, zal Zorro zich moeten houden aan de belofte die hij aan zijn vrouw Elena deed: hij moet zijn geheime identiteit opgeven en een normaal leven leiden als Alejandro de la Vega. Zijn twijfel lijkt de twee uit elkaar te drijven. Hun zoontje Joaquin is inmiddels tien jaar oud en weet niets van zijn vaders dubbelleven. Tegelijkertijd worden er nieuwe plannen gesmeed door dezelfde boosdoeners die Californië buiten de VS wilden houden. Ze dreigen een eeuwenoud gevaar te ontketenen dat de loop van de geschiedenis voor altijd zou kunnen veranderen. Alleen Zorro kan hen stoppen.
Gebaseerd op Verne's boek The Mysterious Island, ontsnappen vijf krijgsgevangenen uit een kamp in een ballon tijdens de burgeroorlog en maken een noodlanding op een onbewoond eiland in de Stille Oceaan. Terwijl ze proberen genoegen te nemen met hun leven, ontdekken ze dat iemand hen helpt.