「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

老朽化したバスルームで対角線上に倒れていたふたりの男ゴードンとアダム。その間には自殺死体が。足を鎖でつながれた男たちに与えられたのは、テープレコーダー、一発の弾、タバコ2本、着信用携帯電話、2本のノコギリ。犯人から告げられたメッセージは「6時間以内に相手を殺すか、自分が死ぬか」。犯人は警察に追われている連続殺人鬼ジグゾウだった。

動物愛護活動家が医療科学研究所を襲撃した。研究員はチンパンジーが危険な感染症にかかっていると警告するが活動家は耳を貸そうとしない。檻から出した途端、チンパンジーは研究員や活動家に襲いかかった。28日後。交通事故で昏睡状態に陥っていたバイク・メッセンジャーのジムは、ロンドン市内の病院の集中治療室で意識を取り戻す。ベッドから起き廊下をさまようジムだったが院内にはまったく人の気配がなかった。人の影を求めて街へ飛び出したジムは、そこで驚くべき光景を目にする。

息子を交通事故で亡くしたジェフは、目覚めると食肉工場の地下室にいた。扉を開けると、そこには鎖につながれた3人の男女。最愛の息子を飲酒運転でひき殺した男、犯人に軽罪しか与えなかった判事、そして事故を目撃しながら証言しなかった女…。「俺は、息子を殺した人間たちを処刑するのか？」　一方、医者のリンは誘拐され、連れて行かれた地下室で、瀬戸際のジグソウと会う。彼の延命手術を成功させなければ、彼女にも死が待っている…。こうして新たなる「ゲーム」が始まった！

保育士の杏子（ミムラ）の携帯が“死の予告電話”のメロディで鳴り響いた。一連の死の着メロ事件を追うルポライター孝子（瀬戸朝香）と恋人の尚人（吉沢悠）らの協力で、謎の鍵が台湾にあるらしいことを杏子は突き止める。

感染した人間をゾンビ化してしまう謎のウイルスが蔓延した街。ワクチン開発は思うように進まず、手詰まりとなった政府は封鎖された街への空爆を決定する。だが、感染地帯にある病院の中に、6人の生存者が取り残されていることが判明、元特殊部隊のタオが率いる精鋭のゾンビハンターたちが救出へと向かう。空爆までのタイムリミットが近づく中、タオたちは病院の中で無数のゾンビたちと戦いながら生存者たちを捜すのだが……。