뉴욕시. 돌연변이 닌자 거북이들은 생애 최대의 전투를 겪는다. 그 상대는 무시무시한 닌자 집단 풋 일족과 그 두령 슈레더, 그리고 외계인 군단 장군 크랭이다. 이 모든 것은 지구 정복에 가장 큰 방해가 되는 두 장애물을 일거에 제거하기 위해 차원 이동을 실행한 크랭의 함정이었으니…. 고담시. 이미 펭귄, 킬러 크록, 라스 알 굴 등 배트맨이 물리쳐야 할 적들로 가득하던 그곳에 새로운 적이 나타난다. 고담이라는 다른 세계로 차원 이동한 슈레더와 닌자들. 그들은 고향으로 돌아갈 장치를 만들기 위해 고담을 들쑤시더니, 어느새 배트맨의 가장 무서운 적들과 손잡고 고담 정복 음모를 꾸민다. 이에 영웅은 미처 예측 못 했던 모습으로 등장했으니, 레오나르도, 도나텔로, 미켈란젤로, 라파엘로, 그리고 스플린터 사부가 나타나 배트맨의 동료가 된다! 과연 박쥐와 생쥐, 거북이 연합군은 두 세계 최악의 악당들을 무찌를 수 있을 것인가?

30년 만에 컴백하게 된 "칩과 데일 다람쥐 구조대"는 예전 디즈니 만화동산의 스타들을 현대 LA로 불러낸다. 이 실사/CG 하이브리드 액션 코미디 애니메이션에서 칩과 데일은 현대 LA의 만화와 인간과 더불어 살고 있는데 그들의 삶은 예전과는 사뭇 다르다. 수십 년 전 그들의 잘나가던 TV시리즈가 종영되면서 칩(목소리 존 멀레이니)은 다 내려놓고 보험 세일즈맨으로 교외에서 평범한 생활을 하고 있다. 반면 데일(목소리 앤디 샌드버그)은 3D성형도 받고 왕년의 영광을 되찾고픈 절박한 마음으로 캐릭터 컨벤션에 참여한다. 그러다 예전 시리즈의 동료 하나가 사라지자 칩과 데일은 그 친구를 구하기 위해 깨졌던 우정을 회복하고 다시금 다람쥐 구조대의 수사 활동을 재개해야 하게 된다.

갑자기 하늘에서 떨어진 무언가에 의해 머리를 강타당한 치킨 리틀은 하늘이 무너지고 있다고 확신하고, 고향 마을인 오우키 오크를 대혼란으로 몰고간다. 허나 그의 머리 위로 떨어진 것은 다름 아닌 도토리... 이로 인해 1년간 모든 이들의 놀림감이 된 치킨 리틀은 자신의 명예를 회복하기 위해 결심을 하지만, 마음먹기가 무섭게 또다시 치킨 리틀의 머리 위로 무언가가 떨어지는데... 이번에는 진짜 하늘이 무너져 내리고 있는 것일까?! 마른 하늘에 구멍이 뚫린 절대절명의 위기 속에서 세상을 구하기 위해 모험을 떠나는 치킨 리틀과 그의 절친한 친구인 런트, 애비 말라드, 피쉬의 깜짝 놀랄 이야기...