前作から2年。CIAのパメラ・ランディは、ベルリンである事件の調査を行っていたが、何者かの襲撃を受け、調査チームの一人が死亡。時を同じくして、ボーンたちにも危険が迫る。人目を避けてインドのゴアで暮らしていたジェイソン・ボーンと恋人のマリーに刺客が迫り、マリーは殺されてしまう。ボーンはCIAが自分を始末しようとしていると推測してCIAを追い、CIAのパメラは現場に残されたボーンの指紋から襲撃犯はボーンだと考えボーンを追う。そしてベルリンとモスクワを舞台に、次第に「トレッドストーン計画」に隠された真実が明らかになっていく。

公衆衛生調査官マシューはある日、同僚のエリザベスから奇妙な相談を受ける。彼女の恋人ジェフリーが以前の彼とは別人のようになったという。その翌日、エリザベスがマシューの家に駆け込んで来て、ジェフリーは見知らぬ人たちと密会しており、彼らは人間らしい感情が無いように思われたという。マシューはエリザベスを知り合いの精神科医のキブナー博士のところへ連れて行くがそれは単なる幻覚にすぎないと断定される。数日後、マシューの親友ジャックの家で不思議な物体が発見される。

某テレビ局のディレクターである浅川玲子は、都市伝説にまつわる取材の中で、見た者を1週間後に死に至らしめる「呪いのビデオ」に関わったと噂される男女が、数日前に奇怪な死を遂げた自分の姪、大石智子と同日の同時刻に死亡していることに気づく。調査を進めた玲子は、同時に死んだ智子たち4人の間には交友関係があり、彼らが1週間前に伊豆の貸し別荘「伊豆パシフィックランド」に宿泊していたこと、そしてその際に撮影されたフィルム写真上の4人の顔が不気味に歪んでいることに着目する。彼らの死の謎を突きとめようとして問題の貸し別荘を訪れた玲子は、そこで貸出されていた不審なビデオの映像を見てしまい、直後に不気味な無言電話を受け取る。これを境に、玲子自身の写真もまた死んだ4人と同様に歪んだ顔で写るようになってしまう。

　ある日、介護ボランティアをする女子大生の仁科理佳は、寝たきりの老婆・徳永幸枝の様子を見るためその家を訪れた。理佳は何か不気味な雰囲気を感じつつも家の中へと入っていく。悪臭が漂い物が散乱する中を進み、一階の薄暗い部屋で幸枝を発見する理佳だったが…。数日前、幸枝の息子・勝也が帰宅すると妻が倒れていた。この家に引っ越して以来、一家は不吉なことに見舞われ続けていた。やがて勝也の妹・仁美が不審に思いこの家にやって来るが、どこか様子のおかしい勝也に門前払いされてしまう。これを機に、仁美にも不吉なことが憑きまとうようになり…。

牧師だったグラハムは妻の事故死を境に牧師をやめ、弟のメリル、そして二人の子供達と静かに暮らしていた。しかしその家族の前に様々な兆候（サイン）が現れる。愛犬の暴走、畑に出現したミステリーサークル、家の周りに出没する姿の見えない謎の存在。そしてサインは世界各地に現れるようになった。はたしてサインは何を意味するのか。

ある事情により現場を離れ、緊急司令員として勤務する刑事が受けた1本の通報。電話の向こうの被害者を救うため必死で策を練る彼を、思わぬ真実が待ち受けていた。

誘拐された息子を追って奔走する元情報部員。それは、息子の持つテレキネシス能力に目をつけたスパイ組織の仕業だった。研究所に通う超能力少女の助けを得て、息子の消息に迫るのだが…。

日本の大企業ナカモトがロサンゼルスの一角に建てた超高層ビルの落成パーティが開かれた夜、ビル内でコールガールのシェリルの変死体が発見された。外国人がらみの事件を担当する市警渉外係のウェッブ・スミス警部補は、ジョン・コナー警部と共同で捜査を開始した。コナーは日本人の習慣に沿った捜査法を進めるが日本人をよく思わないグラハム刑事は批判的だった。ナカモトでは最近、日本から出向いた重役のヨシダ、ロス支社のエリート・イシハラ、ネゴシエイターのリッチモンドらがマイクロコン社の買収を進めていたが、アメリカの軍事技術開発にも関わっている同社だけに米議会が認めず、難航していた。

第二次世界大戦最中の1940年、アメリカ軍潜水艦タイガー・シャークは大西洋海域を航海中、ドイツ軍潜水艦Uボートに撃沈されたイギリス病院船の生存者3名を救助する。そのうちの一人は看護婦のクレアという女性だった。この時代、“女性は潜水艦に不吉な災いをもたらす”と信じられていたことから、艦内に戦慄が走る。やがて、敵艦をやり過ごすため静まりかえっていた艦内で突如レコードが鳴り響いたり、不気味な囁き声が聞こえるなどの不可解な現象が起こり始めた。更にドイツ軍からの攻撃も激しさを増していき、乗組員は精神的にも追い詰められていく。

親友を殺した犯人として実業家のハリソン・ヒルを探し出すために、ジャーナリストが潜入捜査を行う。彼の部下を装って、ネット上のいたちごっこに参加する。

日本で社会現象にもなった『着信アリ』をハリウッドでリメイク/リ・イマジネーションした作品。 数日の間に2人の友人の怪死を目撃した女子大生のベスは、警察で変死した妹の謎を探るジャック・アンドリュース刑事と出会う。死んだ彼らに共通した事実、それは死の数日前に携帯電話に着信を受け、留守電に残された自らの断末魔を聞いていたことだった。