Kolmen ihmisoikeusaktivistin ajaessa pitkin autiota valtatietä, he näkevät pahaenteisten ajovalojen lähestyvän. Rauhoitellen toisiaan, he eivät aavista näiden valojen pian häviävän yöhön ja ampuvan lähtölaukauksen yhdelle historian räjähdysherkimmistä murhatutkimuksista. Kuvaan astuu suorapuheinen Ward (Dafoe) ja petollisen huoleton Anderson (Hackman). Pystyvätkö nämä vastakkaisia kantoja edustavat FBI-agentit voittamaan erimielisyytensä ja ratkaisemaan pienen Ku Klux-Klanin asuttaman yhteisön hyytävän mysteerin ennen kuin koko kaupunki repeytyy kahtia rasismin kourissa?
Vuosi on 1945. Englannin kanaalin Jerseyn saarella leijuu ainainen sumu. Grace kasvattaa valtavassa kartanossa kahta valolle allergista lastaan. Gracen mies on kadonnut sodan kurimukseen. Talossa eletään ikuisessa hämärässä. Ovet lukitaan aina ennen kuin seuraavat avataan. Talon palvelijat katovat eräänä yönä. Sumusta ilmestyy kolme uutta palvelijaa, jotka Grace pestaa töihin ja alkaa opettaa talon tavoille. Sitten mies palaa sodasta. Mutta miksi palvelijat piilottavat pihan kulmalla olevat hautakivet?
Scooby-Doo! paljastaa, kuinka elinikäiset ystävykset Scooby ja Shaggy tapasivat toisensa, ja kuinka he yhdistivät voimansa nuorten etsivien, Fredin, Velman ja Daphnen kanssa ja perustivat kuuluisan Mysteeri Oy:n. Takanaan satoja tapauksia ja monia hurjia seikkailuja, Scooby ja kumppanit kohtaavat suurimman ja vaativimman mysteerinsä ikinä: ovelan juonen vapauttaa aavekoira Cerberus maan päälle tekemään tuhoja. Heidän yrittäessään estää katastrofia tapahtumasta ryhmä huomaa, että Scoobylla on salainen perintö ja hänen kohtalonsa on ennalta määrätty tavalla, jota kukaan ei olisi voinut kuvitella.
Päästyään vankilasta lomille väkivaltainen pikkurikollinen Cain karistaa vanginvartijat kannoiltaan ja palaa vanhoille kotikulmilleen. Tarkoituksena on kostaa kaikille niille, jotka ovat tehneet hänestä kovasydämisen tappajan. Cain joutuu eeppiseen ja veriseen taistoon etsiessään menetettyä sieluaan kaupungin kylmiltä kaduilta.
Kyttäkaksikon lomanvietto Hong Kongissa häiriintyy, kun Amerikan suurlähetystössä räjähtää pommi. Jäljet johtavat ex-kyttä Ricky Tanin ja kauniin palkkamurhaajan vanaveteen. Jalka nousee ja kenkä viuhuu, kun kiinalaiset konnat astuvat poikkiteloin Carterin ja Leen eteen. Kaksikko onkin melkoisen haasteen edessä, sillä kiinalaisen rikollisliigan miesylivoima pistää taistelukaksikon ahtaalle. Matka Hong Kongista jatkuu Los Angelesin aurinkoon ja Las Vegasin kasinoille, mutta mistään lomamatkasta ei siis enää ole kyse.
Nuoren tytön traaginen kuolema käynnistää armottoman kissa ja hiiri -leikin metsästäjän ja syrjäseutujen paatuneiden rikollisten välillä - pelissä ovat elämä ja kuolema.