Alex si singa adalah raja hutan kota, atraksi utama di Kebun Binatang Central Park, New York. Ia dan sahabat-sahabatnya—Marty si zebra, Melman si jerapah, dan Gloria si kuda nil—telah menghabiskan seluruh hidup mereka dalam kurungan yang menyenangkan di hadapan publik yang mengagumi dan dengan makanan yang disediakan secara teratur bagi mereka. Tidak puas untuk membiarkannya begitu saja, Marty membiarkan rasa ingin tahunya menguasainya dan melarikan diri—dengan bantuan beberapa penguin yang luar biasa—untuk menjelajahi dunia.
Mata-mata paling menarik sedunia melanjutkan pertempurannya melawan si jahat Dr. Evil, yang bekerja sama dengan musuh baru: penjahat tahun 1970-an, Goldmember.