És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
La missió Solaris ha establert la seva base en un planeta que sembla albergar algun tipus d'intel·ligència. Un científic viatja fins allà per substituir un altre que ha desaparegut. Després de les seves investigacions, descobreix una realitat alternativa de la qual li serà molt difícil fugir.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
La vigília del 4 de juliol, unes gegantines naus espacials apareixen al cel. L'estupor inicial es converteix en terror en veure com aquestes ataquen el planeta llançant raigs destructius a les ciutats més grans de tot el món. Ara l'única esperança per a la salvació de la terra és la voluntat d'alguns supervivents, que s'uneixen planejant l'últim atac massiu contra els alienígenes, abans que sigui massa tard per a la humanitat.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
En Peter Parker finalment aconsegueix l'equilibri entre la seva devoció per la Mary Jane i els seus deures com a superheroi. De sobte el seu vestit es torna negre i millora els seus poders, però també treu el costat més fosc i venjatiu de la seva personalitat. Obligat a triar entre el poder temptador que li dona el nou vestit i l'heroi compassiu que era abans, en Peter haurà de vèncer els seus propis dimonis mentre s'enfronta a en Venom i l'Home de Sorra.