Kariya, un enginyer de Tòquio, arriba a una illa tropical primitiva per excavar-hi un pou per subministrar energia a un molí de sucre. Allà coneix la família Futori, odiada pels habitants de l'illa perquè no respecten els costums religiosos.
Segona meitat del segle XVII. Dos joves jesuïtes viatgen al Japó a la cerca d'un missioner que, després de ser perseguit i torturat, ha renunciat a la seva fe. Ells mateixos viuran el suplici i la violència amb què els japonesos reben els cristians.