ゴジラシリーズ第5作。異常気象に見舞われる日本。そんな中、金星人を名乗る女性が地球の危機を予言すると、阿蘇火口からラドンが、太平洋からゴジラが姿を現す。更には、黒部谷に落下した大隕石から金星を滅亡させた宇宙最強の怪獣キングギドラが出現し、日本各地を荒らしまわる。未曾有の地球の危機に、小美人よりインファント島から招聘されたモスラは、ゴジラとラドンに共闘を求めた。ここに地球三大怪獣対宇宙超怪獣の地上最大の決戦が始まる！

タクシードライバー、ジャックの車に少年と少女が乗り込んでくる。彼はどこか微妙にズレた言動の二人をいぶかるが、いつものように車を発進させる。ところが、突然どこからか数台の武装したSUV車が現れ、彼らの後を追跡し始める。

2157年の深宇宙、マクシムは、自由調査団の宇宙船パイロットを務めていたが思わぬ隕石事故に遭う。未知の惑星に不時着するも宇宙船は大破してしまう。やがて彼は、その惑星が軍事独裁政権「匿名の父たち」に支配され、政府の設置した防衛塔が放つ特殊光線によって国民がマインドコントロールされていることを知る。そんな現状を目の当たりにし、マクシムは自らの命を投げ打つ覚悟で政府に戦いを挑む。