Bob Parr telah meninggalkan hari-harinya sebagai pahlawan super untuk bekerja sebagai penilai asuransi dan membesarkan ketiga anaknya bersama mantan istrinya yang heroik di pinggiran kota. Namun, saat ia menerima tugas misterius, tibalah saatnya untuk kembali mengenakan kostum.
Jaime Reyes yang baru saja lulus kuliah pulang ke rumah dengan harapan tinggi akan masa depannya, hanya untuk mendapati bahwa rumahnya tidak sama seperti sebelumnnya. Saat dia mencari tujuannya didunia, takdir mendatangi Jaime ketika mendapati dirinya di kontrol oleh peninggalan kuno bioteknologi alien yang disebut "The Scarab".
Setelah kemunculan kembali mutan pertama di dunia, penghancur dunia Apocalypse, X-Men harus bersatu untuk mengalahkan rencananya untuk memusnahkan dunia.
Selama perjalanan luar angkasa, empat ilmuwan berubah karena sinar kosmik: Reed Richards memperoleh kemampuan untuk meregangkan tubuhnya; Sue Storm dapat menjadi tidak terlihat; Johnny Storm mengendalikan api; dan Ben Grimm berubah menjadi makhluk super kuat. Bersama-sama, "Fantastic Four" ini sekarang harus menggagalkan rencana jahat Dr. Doom dan menyelamatkan dunia dari kehancuran.