1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。

シュタージ（国家保安省）の局員ヴィースラー（ウルリッヒ・ミューエ）は、劇作家のドライマン（セバスチャン・コッホ）と恋人で舞台女優のクリスタ（マルティナ・ゲデック）が反体制的であるという証拠をつかむよう命じられる。ヴィースラーは盗聴器を通して彼らの監視を始めるが、自由な思想を持つ彼らに次第に魅せられ……。

高校生のフランクは尊敬する父が母と離婚すると聞き、ショックで衝動的に家を飛び出してしまう。そして、生活のため偽造小切手の詐欺を始めるようになる。最初はなかなかうまくいかなかったが、大手航空会社のパイロットに成りすますと誰もがもののみごとに騙された。これに味をしめたフランクは小切手の偽造を繰り返し巨額の資金を手に入れるのだったが…。

1947年9月、プリンストン大学院の数学科に入学を果たしたジョン・ナッシュ。ひとり研究に没頭するナッシュは次第にクラスメートからも好奇の目で見られるようになる。しかし、ナッシュはついに画期的な「ゲーム理論」を発見する。やがてウィーラー研究所に採用されるが、米ソ冷戦下、彼の類い希な頭脳が暗号解読という極秘任務に利用され、次第に大きなプレッシャーに追いつめられていく…。

3人の子供を抱えるシングル・マザーのエリンは子供を抱えていては職探しもままならず、信号無視の車に衝突される交通事故に遭う。こちらに過失のない事故だから絶対に勝てると弁護士のエドワードはエリンの弁護を請け負うが、陪審員の目には加害者が医師であるのに対し、エリンは社会的な信用が低く、証言時の言葉遣い悪さも災いして、金目当ての当たり屋と相手側に匂わされた結果敗訴してしまった。事故で負傷したにもかかわらず賠償金を得ることも出来ず、生活に窮したエリンはエドワードに、勝てる裁判で負けたのだから代わりに仕事を斡旋するように要求、半ば強引に彼の事務所で働くようになる。

ユダヤ人女性の歴史学者デボラ・E・リップシュタットは、イギリスの歴史家デイヴィッド・アーヴィングが主張する「ナチスによる大量虐殺は無かった」とする"ホロコースト否定論"を看過できず、真っ向から否定していた。しかし、アーヴィングはリップシュタットを名誉毀損で提訴し、異例の法廷対決を行うことになった。訴えられた側に立証責任があるイギリスの司法制度で戦う中でリップシュタットは、大量虐殺の事実を証明する必要があった。彼女のためにイギリス人による大弁護団が組織され、アウシュビッツの現地調査に繰り出すなど、歴史の真実の追求が始まった。そして2000年1月、多くのマスコミが注目する中、かつてない歴史的裁判がはじまった。