親友のルカが学校に行くため遠くへ旅立ったあと、アルベルトはポルトロッソでの新しい生活を楽しんでいる。アルベルトと一緒に暮らすマッシモは、ガッシリとした体格で入れ墨があり、口数の少ない腕一本の漁師である。アルベルトはマッシモの仕事を手伝っているが、あまり会話がない。マッシモに認めてもらうためアルベルトは奮闘するが、なかなか上手くいかない。

ボブが働くバーガーショップ“カニカーニ”にある秘密のレシピが、邪悪な海賊バーガー・ビアードに盗まれた。レシピの盗難でバーガーが作れなくなり、海底都市ビキニタウンは大混乱に陥る。ボブは大親友のヒトデのパトリックや、お隣さんのタコであるイカルド、リスの女の子サンディ、そして、カニカーニのオーナーであるカーニらとともに、海賊を追いかけて地上の世界へ。すると海賊はなんと自分のバーガー店を開いていた。

海面下１万ｍの秘密基地「ディープスター６」では、ミサイル発射台の建設計画が進められていた。そんなある日、建設予定地の近くに巨大な洞窟が見つかる。海洋生物学者のスカーペリは調査を訴えるが、工期の遅れを心配するヴァン・ゲルダー博士は洞窟の爆破を命令。作業にあたる隊員が洞窟に向かったところ、謎の生物に襲撃される。