Schindlerin lista kertoo saksalaisesta yrittäjästä, Oskar Schindleristä, joka pelasti yli tuhannen puolanjuutalaisen hengen holokaustissa toisen maailmansodan aikana. Elokuvan nimi viittaa listaan, jossa oli niiden juutalaisten nimet, jotka Schindler otti töihin tehtaaseensa.
Julman arkinen kuvaus puolanjuutalaisen pianistin ja säveltäjän Wladyslaw Szpilmanin kokemuksista Varsovassa toisen maailmansodan aikana, natsien alkaessa valloittaa Eurooppaa. Juutalaisena hän joutuu kokemaan vainon ja rajoitukset, joita hänelle, hänen sukulaisilleen ja koko hänen kansalleen asetetaan. Wladyslawin perhe lähetetään työleirille, mutta hän onnistuu pakenemaan Varsovan getosta pääkaupungin raunioihin. Kärsimyksestä, nöyryytyksestä ja henkiinjäämistaistelusta tulee hänen arkeaan.
Ensimmäisenä vuonna Saksan miehitettyä Ranskan Shosanna Dreyfus näkee natsieverstin Hans Landan teloituttavan hänen perheensä. Shosanna pääsee nipin napin karkuun ja pakenee Pariisiin, jossa hän tehtailee itselleen uuden henkilöllisyyden elokuvateatterin omistajana. Toisaalla Euroopassa luutnantti Aldo Raine johtaa juutalais-amerikkalaista erikoisyksikköä nopeisiin ja sokeeraaviin kostoiskuihin. Rainen joukko, jonka viholliset myöhemmin oppivat tuntemaan "paskiaisina", liittoutuu saksalaisen näyttelijän ja salaisen agentin Bridget von Hammersmarkin kanssa kukistaakseen kolmannen valtakunnan johtajat. Kohtalot nivoutuvat toisiinsa elokuvateatterin hämyssä, missä myös Shosanna on valmiina toteuttamaan oman hurmeisen verikostonsa.
Nuori Bruno elää ylellistä elämää yhdessä äitinsä, isosiskonsa ja SS-upseeri-isänsä kanssa. Perhe muuttaa maalle, ja Brunon isästä tulee vankileirin komentaja. Bruno tutustuu nuoreen Shmueliin, joka on jostain syystä pukeutunut raidalliseen pyjamaan ja asuu sähköaidan toisella puolella. Pian Brunolle selviää, että ystävystyminen pojan kanssa on kielletty, koska tämä on juutalainen, ja että aidan takana onkin vankileiri tuhoamista odottaville juutalaisille.
Nuori amerikkalainen Barry Kohler kertoo kuuluisalle natsien metsästäjälle Ezra Liebermanille epäilevänsä, että Auswitzin keskitysleirin "kuoleman enkeli", tohtori Josef Mengele on elossa ja työskentelee Etelä-Amerikassa. Yhdessä miestensä kanssa hän yrittää kloonata Hitleriä! Kun Kohler saa pitäviä todisteita, Mengelen kätyrit murhaavat hänet. Liebermanin uteliaisuus on kuitenkin herännyt ja kauhukseen hän saa selville, että Mengelen geenimanipulaatio on onnistunut, jossainpäin maailmaan odotaa natsien aikapommi...