Alur cerita film Sonic the Hedgehog 2 bermula ketika Sonic menetap di Green Hills. Ia memutuskan menetap di sana agar bisa merasakan lebih banyak kebebasan. Ditambah lagi, Tom dan Maddie setuju untuk meninggalakannya di rumah ketika mereka pergi untuk berlibur. Namun sayangnya, tidak lama setelah mereka pergi Dr. Robotnik sang musuh bubuyutan si landak biru itu kembali ke bumi. Kali ini Dr. Robotnik datang dengan pasukan baru, Knuckles. Tujuan mereka datang kembali adalah untuk mencari Master Emerald yang memiliki kekuatan super. Kekuatan super itu bisa membangun dan menghancurkan peradaban di bumi. Atas hal ini, Sonic pun mencari strategi agar bisa menggagalkan rencara Dr. Robotnik. Strategi yang dilakukan oleh Sonic ialah bekerjasama dengan sahabatnya, Tails. Kemudian bersama dengan Tails, Sonic memulai perjalanan untuk menemukan Master Emerald. Semua itu dilakukan dengan cepat, sebelum Master Emerald jatuh ke tangan yang salah.

Sebuah misi berakhir kacau. Ethan Hunt dan timnya harus bekerja sama dengan CIA dan beberapa wajah lama saat berpacu dengan waktu menyelamatkan dunia dari bencana nuklir.

JJ, alias John Shaft Jr., mungkin merupakan pakar keamanan cyber dengan gelar sarjana dari MIT, tetapi untuk mengungkap kebenaran di balik kematian sahabatnya, dia membutuhkan pendidikan yang hanya bisa diberikan oleh ayahnya. Tidak ada di sepanjang masa muda JJ, John Shaft yang legendaris terkunci dan sarat setuju untuk membantu keturunannya menavigasi perut Harlem yang penuh dengan heroin.

Setelah Isla Nublar porak-poranda akibat letusan gunung berapi, spesies dinosaurus yang tersisa dibawa ke perkebunan Lockwood yang besar, di Amerika. Di tempat tersebut, Owen dan Claire menyadari bahwa spesies dinosaurus malah dilelang dan tidak dilestarikan. Seekor dinosaurus hibrida yang sangat berbahaya dan dikenal dengan nama Indoraptor, kabur dan mulai meneror penduduk di sekitar perkebunan.