2002年、人類最先端の海底超特急「マリンエクスプレス」の開業を前に、招待客を乗せて試運転が行われようとしていた。 日本へ向けロサンゼルスを発車した超特急に乗り込んだのは、日米の計画責任者と関係者たち。その中には列車に忍び込んだ殺人犯を追ってきた私立探偵、計画を成功させることに情熱をもった若い運転士、密かにマリンエクスプレスの破壊を計画する関係者、それに試運転を利用し武器の密輸を企む一団などがいた。 様々な思惑を乗せて走る列車は数々のアクシデントに遭遇し、やがては太古の世界のムー帝国とインベーダーとの争いにも巻き込まれて行く。

ジョン・ギャリティと別居中の妻、そして幼い息子は、地球を破壊する彗星が地球に接近する中、聖域を探す危険な旅に出る。都市が破壊される恐怖の中、ギャリティ家は人間の最良と最悪の面を体験する。地球滅亡へのカウントダウンがゼロに近づく中、彼らの驚くべき旅は、可能性のある安全な避難所へのギリギリの絶望的な飛行で頂点に達する。

町の露天でリツコが買ってきた緑色のゲンゴロウ型のブローチ。だが、それはゲンゴロウ獣人の分身だった。リツコの血を吸って復活したゲンゴロー獣人に、ガランダー帝国のゼロ大帝は東京火の海作戦の指令を出すのだった。果たして、仮面ライダーアマゾンは、この危機をどう救うのか…。