シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

エドワードは、発明家の博士によって生み出された人造人間。だが、完成直前に博士が急死してしまった為、彼は両手がハサミのままこの世に残されてしまう。その後、ゴースト屋敷のような丘の上の家で、顔が傷だらけで孤独な日々を送っていた彼の元にある日、化粧品のセールス・ウーマンのペグが訪ねて来た。心優しい彼女は、そんな彼の姿に同情し、自分の家に連れて帰る。そうして家の中へ通された彼は、写真に写っているペグの娘キムに心奪われ、彼女に恋してしまう。

第二次世界大戦下のイギリス。ペベンシー家の4人の兄妹-ピーター、スーザン、エドマンド、ルーシーは、ロンドンの空襲を逃れて田舎に住むカーク教授に預けられる。古めかしく広大な教授の屋敷は、子供たちにとって最高の探検場所。好奇心旺盛な末っ子のルーシーは、“かくれんぼ”をしているうちに、空き部屋で大きな古い衣装だんすをみつける。見えない力に導かれるかのように衣装だんすに入り、毛皮のコートを押しのけて奥に進むといつしかルーシーは雪に覆われた真夜中の森に立っていた。

モーと彼の娘メギーは、“インクハート”という１冊の本を探し求め旅を続けていた。やがて、その本を見つけると、“ほこり指”と名乗る奇妙な男が父娘の前に現われ、その本の世界に戻してくれ、と迫ってくる。実はモーは、本を朗読するとその本の登場人物を現実世界に呼び出す“魔法舌”という能力の持ち主だった。ただそれと引き換えに現実世界のものを本の世界へ閉じこめる力も持ち合わせており、かつて幼少のメギーにインクハートを読んでいた際、邪悪な王カプリコーンやほこり指を呼び出してしまい、その代わりにモーの妻がインクハートの世界へ送られてしまったのだった。陰謀を企むカプリコーンの脅威を逃れようと大叔母エリノアの屋敷へ避難するも、一味に捕らえられるモーたち。そんな窮地に立たされる中、モーは妻を救い出そうとカプリコーンに立ち向かっていくのだが…。