ゲーテの戯曲「ファウスト」をシュヴァンクマイエルが自ら翻案し映画化した「アリス」に続く長編2作目。実在したとされる魔術師の伝説が独自の解釈によってつづられ、奇妙な生物たちの姿や独特な食事描写などが実写・粘土細工・ストップモーションアニメーションなどを駆使して描かれていく。

空想好きのサラは、女優を夢見る15歳の少女。ある土曜、両親が連れ立って外出し、彼女はまだ赤ん坊の弟トビーの世話を頼まれる。ぐずるトビーに、サラが愛読書の「ザ・ラビリンス〈迷宮〉」を読んで聞かせると、なんとトビーの部屋の片隅から突然黒い影が動き出し、“迷宮”の魔王ジャレスが現われる。ジャレスはトビーをさらうと姿を消してしまい、サラは後を追って数々の罠が待ち受ける迷宮へと足を踏み入れる。

チャイナタウンの骨董屋で発明家ペルツァーが手に入れた不思議な動物モグワイ。彼はそれを息子ビリーへクリスマス・プレゼントとして贈るが、モグワイには、水に濡らさないこと、太陽光線に当てないこと、真夜中すぎにエサを与えないことの三つの誓いが必要だった。だが、この誓いが破られた時、可愛いモグワイは恐るべき凶悪な怪物グレムリンへと増殖していく。かくして平和な田舎町キングストン・フォールズは悪夢のクリスマスを迎えることになるのだ。

前作の主人公ビリーと恋人ケイトは二人そろってニューヨークで新生活を送っていた。大富豪クランプの所有するクランプ・センターがその働き口だったが、ビリーはそこで、チャイナタウン再開発のために発見されたモグワイと再会する。しかしまたしても偶然と失敗が折り重なってモグワイの体からグレムリンが発生、しかも今度はセンターの研究所で開発中のバイオ・テクノロジーと融合、新種のグレムリンが大量発生してしまうのだ。

最新科学技術の粋を集めた人類初の有人火星探査ロケット「ゼロエックス号」が離陸後、機内に侵入した悪漢フッドの妨害により墜落、大破してしまう。2年後、国際救助隊に警備された2回目の離陸はほとんど問題なく成功。火星に到着したゼロエックス号は謎の生命体の襲撃を何とかかわし、地球への帰途につくが…。

新世界航空社のために国際救助隊の天才科学者ブレインズが新たに設計した飛行船「スカイシップ・ワン」。世界各地を周遊する初飛行に出発するが、乗員になりすました謎の陰謀団にハイジャックされてしまう。来賓として招かれたアランやペネロープたちを乗せたまま、飛行船は陰謀団によって爆発の危機に遭遇。乗員を脱出させるために国際救助隊が出動するが…。