マルコ・ラミウス艦長が指揮する、ソ連の誇る最新原子力潜水艦レッド・オクトーバーが、アメリカ東海岸に接近した。アメリカ政府は、ラミウスの狙いはアメリカ攻撃だと判断する。だがCIA分析官だけは別の見解を示す。ラミウスは亡命しようとしていると言うのだ。だが自説を証明するためには、あと数時間の余裕しかない。なぜならソ連の海軍と空軍が総力をあげてレッド・オクトーバーを追っているから。かくして大西洋は海戦の場と化した…。
南大西洋を航海中の米軍の駆逐艦ヘインズは自艦に接近してきた独軍の潜水艦を捕捉し、やがて両者の間で一騎打ちが火蓋を切る。駆逐艦の艦長マレルはかつて妻を戦争で失い、対する独軍潜水艦の艦長フォン・ストルベルグも、愛児たちを祖国のために失った男。2人ともに戦争に対して実は批判的である立場ながら、見えない相手を好敵手と見なし、全力で戦いに臨む。やがて両者の間には互いに対する奇妙な尊敬の念が芽生えていく。
退役を迎え、ハワイからアメリカ本土に最後の航海に出たアメリカ海軍戦艦「ミズーリ」。艦長のサプライズ誕生日パーティーと偽りヘリが着艦。しかしそのヘリには元CIAエージェント、ストラニクス率いるテロリスト一味が乗っていたのだ。副艦長・クリル中佐も仲間の一味で彼らを手引きしていた。クリル中佐は艦長を殺害、テロリストどもは他の乗員を船倉に監禁してしまう。彼らの目的は、艦に搭載されている核弾頭搭載トマホーク巡航ミサイルのブラックマーケットへの転売だった。 ただひとり難を逃れたのは、冷蔵庫に監禁されていたコック長のライバック兵曹のみ。しかし彼の正体は、元海軍特殊部隊「SEAL」の対テロ部隊の指揮官だった。彼は、ある作戦で部下が多数死傷し、当時の情報将校を殴打し降格処分になってしまった。それをアダムス艦長が不憫に思い、彼を自分の手元に置いてコック長という任務に就かせていたのである。 救出した同僚やケーキの中にいた女性ダンサーのジョーダン・テイトと共に、ライバックの反撃が始まる。
中東で米海軍ヘリコプターがゲリラの高速艇に攻撃され緊急出動した“ネイビー・シールズ”。そこで驚異的破壊力を持つ米国製のミサイルが発見された。彼らは、卑劣なテロリストの手からミサイルを奪還すべく決死の作戦を敢行する！