南部で発生した殺人事件の容疑者として、駅で列車を待っていた黒人青年ヴァージルの身柄が拘束された。しかし警察の取り調べによって、ヴァージルは殺人課の刑事であることが判明する。警察署長のビルは、ヴァージルに反感を覚えながらも、協力して捜査を進めていくが……。

ヘンリーは、服役中に知り合ったオーティスと共同生活をしながら、表向きは害虫駆除の仕事を坦々とこなす日々を過ごしていた。しかし、殺人への渇望は充たされることはなく、あたかもそれが日課のようなに殺人を繰り返していたのだった。やがてヘンリーの”狂気”はオーティスをも引き込んで、凶行はさらにエスカレートして行く。そしてある日、オーティスの妹ベッキーが彼らの生活に加わり、これをきっかけにしてヘンリーとオーティスの関係は均衡が次第に崩れ始めるのだった。

物語は、あのアパートでの惨劇の直後から始まる。完全隔離されたアパートに、ある特命を受けた医師と武装した警官隊が突入する。それぞれヘルメットにCCDカメラを装着した彼らは、感染者たちの襲撃に怯えながらアパートの最上階へと向かう。僅かに生き残った者が、“感染”の深層部であろう最上階の部屋で見たものとは…。

前作から5年。再び.44マグナム・S&W M29を手に、ハリーはサンフランシスコで、自らも”駒”になった、死亡予想ゲーム“デッドプール”を元に展開する連続殺人事件に挑む。サンフランシスコ市警のハリー・キャラハン（クリント・イーストウッド）刑事は賭博王ジャネロを強引な手口で逮捕した。テレビ中継でその模様を報道されたハリーは有名人となるが、その中継をテレビで秘かに見つめる人物が「死亡予想」と書かれたリストにハリーの名を書く。一方、市警はテレビ中継の一件以来、人気者になった彼の身を案じ、護衛も兼ねた相棒に中国人の刑事クワン（エヴァン・キム）を配置させる。やがてホラー映画に出演中のロックシンガーのジョニー（ジム・キャリー）が強力な合成ヘロインを口に押し込まれ殺害される事件が起こる。現場に駆けつけたハリーは、発見者である映画監督のピーター（リーアム・ニーソン）に出会うが捜査に結びつく情報は得られない。そしてチャイナタウンのレストランで強盗事件にハリーが遭遇した際、犯人の流れ弾に当たりジョニーが出演する映画の経理を担当していた男が死亡し、その胸ポケットから「死亡予想」と書かれたリストが見つかる。リストにはジョニーや他の有名人と共にハリー自身の名前も書かれていた…。

友人の結婚式の帰り道、クリスティン・マッケイは恋人のジェームズ・ホイトからプロポーズされるも断ってしまい、気まずいまま別荘に帰宅する。深夜、ドアがノックされ不気味な声が聞こえてくる。ドアを開けると、そこには見知らぬ女が立っており…。

1939年8月、一人の赤ん坊が食肉処理工場の血まみれの床で生まれた。その子は生まれながらの奇形児で、生肉の包装紙に包まれ、すぐにゴミ箱に捨てられた。たまたまゴミを漁っていた女に拾われた赤ん坊はトーマスと名付けられ、女の家族ヒューイット家で育てられる。 トーマスは6歳のとき、自傷性の変性顔面異常症と診断されるが、その頃から動物を殺して解体するなど異常性が際立っていた。 やがて9歳から食肉処理工場で働き始めた彼は、30歳のとき食肉処理工場が閉鎖されたショックから工場長をハンマーで殴り殺してしまう。住む土地に異常な執着を持つヒューイット家は、逮捕に来た地元の保安官を殺害し、その人肉を食卓に並べた。かくしてヒューイット一家の殺戮が始まった。 ある男女4人が交通事故に合い、内3名が保安官の格好をしたホイト･ヒューイットのパトカーに拘束されヒューイット家の自宅に連れて行かれてしまう。そこには冷酷な殺人鬼と変貌しつつあるレザーフェイス（トーマス）が待ち構えていた。