ストリートギャングに命を狙われている男が引越し作業中の警察署に逃げ込んできた。武装した追っ手はあっという間に建物を包囲。人員や武器弾薬もわずかな警察署は外部との通信手段も遮断され、孤立無援状態に。警部補のイーサンは獄中の犯罪者ナポレオンと組み、署内に立てこもって敵と戦うが……。ジョン・カーペンター監督が敬愛するハワード・ホークスの「リオ・ブラボー」をもとに作り上げたアクション・スリラー。

刑事のトンは、凶悪犯の追跡中に誤って少女の命を奪ってしまう。トンは自責の念に苛まれながらも犯罪組織を追うが、亡き少女の妹に組織の魔の手が迫っていた。

ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー（城南4）に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号（WXIII）と名付けられた異形の怪物だった。

ヨーロッパの黒社会を仕切る男の娘が、ある日落下事故で死亡する。現場にいあわせ真相を知るヒットマンの男と、階下にいた盲目のピアニストの女。男は死亡事故を目撃されたと思い込み、密かにその女を抹殺しようと監視しはじめる。だが、女は盲目で、しかも別の組織に狙われていることが明らかに。ロシアマフィアや英国情報局までもが動き、女を狙う―。謎に満ちたこの盲目の女は、なぜ狙われるのか―！？

あれから7年。サンフランシスコ市警のジャック・ケイツ刑事は暗黒街の陰のボス“アイスマン”追撃のため、唯一手がかりを握る、7年の務めを終えてムショを出たレジー・ハモンドと再びコンビを組むことに。2人は反目しあいながらも友情を温め、“48時間”の追跡劇にまたも挑戦する。