Sekali lagi Bourne dibawa keluar dari persembunyiannya secara tidak sengaja oleh wartawan bernama Simon Ross untuk mengungkap Operasi Blackbriar, kelanjutan dari proyek Treadstone dalam serangkaian kolom surat kabar. Informasi dari wartawan mengungkapkan sebuah ingatan, dan Bourne akhirnya mengungkap masa lalu yang gelap sementara menghindari upaya terbaik Perusahaan untuk menyingkirkannya.

Dipaksa keluar dari persembunyian oleh seorang pembunuh, Jason Bourne terdesak masuk ke aliansi rahasia, jebakan, dan aksi saling tembak dalam sekuel memikat ini.

Ketika Inspektur Lee dari Hong Kong dipanggil ke Los Angeles untuk menyelidiki penculikan, FBI tidak menginginkan bantuan dari luar dan menugaskan Detektif LAPD James Carter yang sombong untuk mengalihkan perhatian Lee dari kasus tersebut. Tidak puas menyaksikan aksi tersebut dari pinggir lapangan, Lee dan Carter membentuk kemitraan yang tidak terduga dan menyelidiki sendiri kasus tersebut.

Setelah dikhianati dan ditinggalkan mati di Italia, Charlie Croker dan timnya berencana melakukan pencurian emas yang rumit terhadap mantan sekutu mereka.