ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

恋人に振られ傷心のヨーンがある日仕事から帰宅すると、隣室の美人から家具を動かしてほしいと声を掛けられる。彼女は姉妹で住んでいて、初対面にもかかわらず彼の日常を把握しているかのごとく謎めいた発言を繰り返し、姉アンネの留守中、暴行された過去を持つ妹キムはヨーンを誘惑。姉妹の不可解な言動に振り回され、ヨーンの日常はゆがみ始めていく。

郊外の工場跡地に建つ巨大集合住宅。 最近では、女子高生の変死体が発見され、不可解な心霊現象が目撃されるなど、いわくつきの噂が絶えない場所だった。 ここに引っ越してきた、気弱な女子大生りんは、ある夜、救急車で搬送される老婆の腕から大きな虫が飛び出るのを目撃する。 虫のことが気になったりんは図書室で調べる内、民俗学者の時世と出会い、過去にもこの地域で、奇妙な虫の目撃例が多発していたことを知る。 それは“心霊蟲（しんれいちゅう）”と呼ばれ、古来から人知れず存在していたという。 “虫”を見た者の中には、不気味な予兆と共に、変死を遂げた者も少なくないため、“虫の呪い”ともいわれた。 呪いの恐怖におびえる彼女は、不思議なオーラを放つ中学生、奈澄葉や、呪術師の斉恩らとの出会いを通して、自らも蟲や怪異の正体に迫っていく。 しかし、それはりん自身が、封印された過去と向き合うことを意味していた……。 果たして、りんを待ち受ける運命とは!?　そして建物に隠された驚愕の真実とは!?