De film draait om wat er gebeurt tijdens de periode dat Kari, de oppas, op Jack-Jack past terwijl de andere Incredibles op Syndrome’s eiland zijn. De film wordt verteld als een flashback terwijl Kari wordt ondervraagd door agent Dicker. Terwijl Kari op Jack-Jack past begint deze superkrachten te ontwikkelen. Hij blijkt te kunnen teleporteren, zweven en door muren heen lopen.
Tiener Beverly groeit op in een eenvoudig gezin. Ze toont al van jongs af aan een grote interesse in literatuur en wil later schrijfster worden en studeren in New York. Als 15-jarig meisje ontwikkelt Beverly echter ook een gezonde interesse in jongens. Ze wordt over haar oren verliefd op een jongen van school. Wanneer ze zijn aandacht wil trekken op een feestje, maakt ze zich belachelijk. De ietwat suffe maar lieve Ray springt voor haar in de bres en dat is het begin van een passionele relatie. Die heeft echter verstrekkende gevolgen als Beverly ontdekt dat ze zwanger is. Als jonge tienermoeder is ze vastbesloten toch haar school af te maken.
Florence geeft haar moeder een bulterriër cadeau, genaamd Baxter. Hoewel haar moeder nogal bang voor Baxter is, wil ze hem toch houden. Maar Baxter heeft zo zijn eigen ideeën - hij wil gedomineerd worden, hij zoekt uitdagingen - en dus is hij niet blij met zijn saaie leventje. Om van het oude vrouwtje af te komen veroorzaakt hij een ongeval. Dit werkt, en hij komt terecht bij de buren, een jong stel. Baxter is blij, totdat blijkt dat het stel een baby krijgt en hij weer actie moet ondernemen.
Charly is een zwakbegaafde man die zich maar met moeite staande weet te houden in de wereld. Hij doet meerdere pogingen om te leren lezen en schrijven, maar het wil maar niet lukken. Zijn leraar wil hem helpen en neemt hem mee naar een kliniek. Door een experimentele behandeling die al succesvol was met muizen wordt Charly almaar intelligenter. Emotioneel is hij echter nog steeds de Charly die hij was.
Malcolm is een vreselijk verlegen en een genie in mechanica die net ontslagen is omdat hij zijn eigen tram aan het bouwen was. Hij neemt Frank in huis als onderhuurder om de rekeningen te kunnen betalen, Frank is net ontslagen uit de gevangenis.
George Banks is nog maar net bekomen van zijn dochters trouwdag, als de lieve meid hem komt vertellen dat ze zwanger is. Hij ziet het niet zitten om nu al grootvader te worden. De schrik wordt echter groter als zijn vrouw Nina Banks hem vertelt dat ze ook zwanger is. De ramp is compleet als ze Franck Eggelhoffer weer inhuren om een dubbel welkomstfeest voor de baby's te organiseren.
Nadat een klein rood speelgoedmannetje ziet hoe een baby omgaat met de rest van zijn speelgoed begint hij voor zijn veiligheid te vrezen. Wanneer het kind het rode mannetje ziet besluit dit mannetje te vluchten. Na een korte achtervolging weet hij zich onder de bank te verstoppen waar allemaal andere bange stukken speelgoed hem blijkbaar voor waren gegaan. Als de baby begint te huilen besluit het speelgoedmannetje uit medelijden onder de bank vandaan te komen en zichzelf op te offeren. Nadat de baby even kort met hem heen en weer schudt besluit hij hem neer te zetten om met een oude doos te spelen. De film eindigt met de baby die met de oude doos speelt terwijl het mannetje hem achtervolgt en om aandacht vraagt.
Een schattige groep pratende babydetectives reist naar de woestijnen van Egypte om het ondeugende meesterbrein van de babycrimineel, 'Big Baby', en zijn partner, de superschurk 'Moriarty', op te sporen.