1926年のアメリカでは人間界・魔法界との関係の悪化、さらに闇の魔法使いグリンデンバルドの脅威にさらされていました。そんな中やってきたのが魔法動物学者のニュートです。彼の革のトランクには保護したたくさんの魔法動物が詰め込まれていましたが、そのうちの一匹が逃亡。その過程でノー・マジ（非魔法使い）であるジェイコブのトランクと取り違えてた末に街に放たれてしまいます。一部始終を見かけた元闇払い（闇の魔法使いに対抗する魔法使い）のティナと妹のクイニー、さらにジェイコブも巻き込み魔法動物を探しに行くことに。

史上最大級の泥棒を企てている嫌味な怪盗グルー。バナナでできた仲間のミニオンたちと共に、秘密基地のある家に住んでいた。月泥棒を企てるグルーたちだったが、ライバルの泥棒に大事な秘密兵器を盗まれてしまう。そこでライバルの家に出入りする孤児の3姉妹を利用しようとしたグルーだったが、なぜか3姉妹と共同生活を送ることとなり……。

ある日海岸沿いの小さな町に、元気な女のコ、ピッピがやってきて、町はずれの｢ごたごた荘｣で一人暮らしを始めた。１０歳のピッピは、みつあみの髪にソバカス、ツギハギだらけの服に、ぶかぶかの靴。おまけに左右色違いの長ーい靴下。でもピッピはタダモノじゃない。卵や粉を空中に放り投げるだけでパンケーキを作ったり、大の大人を投げ飛ばしたりと不思議なパワーがいっぱい。隣に住むセチングレー一家のトミーとアニカとはお友だちになったが、オトナたちはあまりに自由きままなピッピが気にいらない。ついにオトナたちはピッピを町から追い出すことを決め、それを知ったピッピはトニーとアニカを連れ、リンゴ箱の飛行機で大脱出するが・・・。