Het jaar van verkiezingen in Gotham City. Potentiële kandidaten voor het burgemeesterschap worden één voor één omgebracht door een mysterieus figuur dat bij elk van hen een raadsel achterlaat, geadresseerd aan de Batman. Het wordt vervolgens Batmans missie om te achterhalen wie deze schurk is.

Als Zatôichi, een rondreizende masseur en groot samoerai, een door criminelen gerund dorpje binnentrekt, weerhoudt het feit dat hij blind is hem er niet van het aan de stok te krijgen met de lokale bende.

Een jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel keert Zatoichi terug naar het dorp Iioka om in de tempel te bidden voor de ronin Hirate Miki, die hij heeft vermoord. Maar de handlangers van een hooggeplaatste heer, die Zatoichi eerder had gemasseerd en zijn mentale handicap had ontdekt, zitten hem op de hielen. Om deze gênante onthulling te verdoezelen, huren de samurai Yakuza-baas Kanbei in om Zatoichi voor altijd het zwijgen op te leggen. Tot overmaat van ramp is Zatoichi's eigen broer Yoshiro ook in het dorp, op zoek naar Ichi. Zatoichi heeft ooit zijn eigen broer kreupel gemaakt in een geschil over een vrouw.

Sam Flynn, de 27 jaar oude rebelse zoon van Kevin Flynn doet onderzoek naar de verdwijning van zijn vader, ooit bekend als ‘s werelds vooraanstaande gameontwikkelaar. Tijdens zijn zoektocht leidt een vreemd signaal, afkomstig van zijn vader, hem naar Flynns Arcade waar hij in de digitale wereld van Tron wordt getrokken.

Yukiko is onderweg om haar baas Gunji te ontmoeten. Afgaande op haar uiterlijk zou niemand vermoeden dat deze mooie jonge vrouw, die rustig in een trein in de voorsteden zit, de enige vrouw is die de beste professionele spelers in Japan kan verslaan; of dat ze de tatoeage draagt ​​van de man die van haar hield en voor haar stierf...