大学時代親友同士だったファランとラージューは、ある日同窓のチャトルから母校に呼び出される。チャトルは二人に、ランチョーというかつての学友の消息がつかめたことを話し、探しに行こうと持ちかけるのだった。 10年前、インド屈指の難関工科大学ICE（Imperial College of Engineering）。それぞれに家庭の期待を受けて入学してきたファランとラージュー、そして自由奔放な天才ランチョーの三人は寮でルームメイトとなる。何をするにも一緒の3人はしばしばバカ騒ぎをやらかし、学長や秀才だったチャトル等から"3 idiots"(三バカ)と呼ばれ目の敵にされていた。 物語は10年前の大学におけるエピソードと現代のランチョーを探す3人の旅を織り交ぜながら、やがてファラン達も知らなかった彼の秘密に迫っていく。

1607年、英国軍人ジョン・スミスはラトクリフ総督率いる開拓団に参加し、新大陸アメリカのヴァージニア植民地へ旅立つ。一方、そこに昔から暮らす先住民パウアタン族の首長の娘ポカホンタスは不思議な夢と精霊グランドマザー・ウイローに導かれ、開拓団の船を発見する。ポカホンタスは真っ先に上陸してきたスミスと運命的に出会い、2人は言葉が通じないながらも心を通わすように。だが先住民と開拓団は対立を深めていく。

1953年、ニューイングランド地方。名門女子大、ウェルズリー大学に女性教師キャサリンがカリフォルニアから赴任してくる。彼女は美術史の助教授として就任し、優秀だが米国一保守的といわれるこの大学に自立心を育てるなどの教育方法で新しい風を吹き込もうと意気込んでいた。しかし先輩教師は、学生にとって重要で価値あるものは教育よりもエリートの恋人からもらう婚約指輪、とキャサリンの考えを一蹴する。それでも彼女は期待を込めて初日の授業に臨むが、早速したたかな優等生ベティら女生徒たちの反発に翻弄されてしまう…。