英国諜報局MI6御用達の敏腕エージェント、オーソン・フォーチュンに下された新たなミッション。それは100億ドルで闇取引されるとてつもなくヤバいブツ＝“ハンドル”を追跡・回収すること。フォーチュンはMI6のコーディネーター・ネイサンや、毒舌の天才ハッカー・サラ、新米スナイパーのJJという即席チームを率いて行動を開始する。能天気ハリウッドスターのダニーを無理矢理任務に巻き込み、億万長者の武器商人グレッグに大胆不敵に接近。次第に明らかになっていく巨大な陰謀を、フォーチュンたちは阻止できるのか？ そして、最高機密“ハンドル”の正体とは！？

非情な私刑執行人パニッシャーは犯罪組織に単独で乗り込んでいたところを、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.の極秘ミッションを妨害したとして収監される。S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーは彼を釈放する代わりにブラック・ウィドウとチームを組み国際テロ組織リヴァイアサンによって盗まれたS.H.I.E.L.D.の軍事テクノロジーを奪還してほしいと持ちかける。アイアンマン、ハルク、ソーたちにも援護を要請し、2人は敵地へと潜入するが…。

ロボットによって全ての世話をしてくれる夢のような空中都市メトロシティ。そこで生活をしているテンマ博士の息子トビーは、ピースキーパーの実験中の事故によって命を落としてしまう。 悲嘆にくれるテンマ博士はトビーの姿と記憶を持ち、究極のエネルギー『ブルーコア』を搭載した人間にそっくりなロボットを作り上げた。しかし、息子として迎え入れたもののどこか本物とは違うことを痛感したテンマ博士は彼を拒絶してしまう。 自分がロボットであることを知りブルーコアを狙うストーン大統領にも追われ地上へ落ちた彼は、コーラたち地上に住む子供達と出会い「アトム」と名乗り、自分の居場所を探すために彼らと暮らすこととなった。