Als een satelliet neerstort op een klein dorp in Arizona sterven alle inwoners, behalve een baby en een oude man, aan een virusinfectie. Vier wetenschappers moeten het virus onderzoeken en voorkomen dat het zich verspreidt.
Peter Parker is een jonge, middelbare school student, die sinds de plotselinge verdwijning van zijn ouders bij zijn oom Ben en tante May woont. Tijdens een zoektocht naar zijn ouders komt hij terecht in het laboratorium van wetenschapper Dr. Curt Conners, waar hij plotseling wordt gebeten door een radioactieve spin. Peter ontdekt vervolgens dat deze spin hem bijzondere gaven heeft gegeven en hij besluit om deze krachten te gebruiken om de misdaad tegen te gaan.
New York, 1995. De inwoners van de stad worden bedreigd door een dodelijk en uiterst besmettelijk virus. Een wetenschapper, Susan Tyler, haar echtgenoot en een medewerker van het ministerie van volksgezondheid gaan op zoek naar een tegengif. Ze presteren het om via DNA-manipulatie een levensvorm te creëren dat de antistoffen kan aanmaken.
Zeven mannen besluiten op excursie te gaan naar een vriend, om hem te helpen met het regelen van zijn scheiding. Als ze aankomen in een klein dorpje, komen ze erachter dat alle vrouwen die er wonen besmet zijn met een virus, waardoor ze kannibalen zijn geworden, met een hekel aan mannen.
Terwijl de wereld op zoek is naar een remedie voor een rampzalig virus, trekken een wetenschapper en een boswachter een bos in voor een routinematige tocht. Gedurende de nacht wordt hun reis echter een angstaanjagende nachtmerrie in de duisternis. Het bos om hen heen begint tot leven te komen.
Vijf schoolvrienden gaan op vakantie in een afgelegen vakantiehuisje in de bergen. Plotseling blijkt een van hen besmet met een vreemd virus. Naarmate het virus zich onder de vrienden verspreid, en ze steeds zieker worden, komt hun ware aard naar boven.
Astronauten Dennis Gamble (Mykelti Williamson) en Patrick Ross (Justin Lazard) maken deel uit van de eerste bemande missie naar Mars. Ross raakt daar geïnfecteerd met een buitenaards wezen en begint langzaam te muteren. Wanneer ze terugkeren op Aarde moeten de overgebleven teamleden uit de eerste film samenwerken met de nu vriendelijke, genetisch gemanipuleerde Sil (Henstridge) om hem te pakken te krijgen.
Een groep archeologen ontdekt in noord Canada een vreemde structuur van meer dan tienduizend jaar oud. Wanneer hun communicatiesysteem uitvalt bevindt het team zich in een totaal geïsoleerd gebied. Al snel bemerken ze de gevolgen van hun afzondering.
Een groep mensen die werkt bij een radiostation komt er achter dat een groot aantal zombies op het punt staan te ontsnappen als een explosie zal uitbreken. Via hun radiostation proberen ze de inwoners van Los Angeles, waar het zal gaan afspelen, te waarschuwen.
Drie koppels worden gedwongen om levensveranderende beslissingen te nemen tegen de achtergrond van een rampzalige oorlog. Geïnspireerd en soms verblind door hun liefde zijn Len, Mia, Andy, Esther, Anna en Erik net zo gebrekkig als mooi als elk van de andere miljarden mensen die worden geconfronteerd met deze door de mens gecreëerde biologische ramp.