Berlatar abad ke-22, The Matrix menceritakan tentang seorang peretas komputer yang bergabung dengan sekelompok pemberontak bawah tanah melawan komputer-komputer besar dan kuat yang kini menguasai bumi.

Seorang pembunuh yang Sedang hamil, dengan nama sandi The Bride, mengalami koma selama empat tahun setelah mantan bosnya, Bill, menyerangnya secara brutal. Ketika dia bangun, dia bertekad untuk membalas dendam padanya dan rekan-rekannya.

Sang Mempelai Wanita melanjutkan upaya balas dendamnya terhadap mantan bos dan kekasihnya, Bill, penjaga pintu yang penyendiri, Budd, dan Elle yang bermata satu dan pengkhianat.

Seorang petugas pertahanan, Tanpa Nama, dipanggil oleh Raja Qin sehubungan dengan keberhasilannya dalam menghabisi tiga prajurit.

Dua pejuang yang sedang mengejar pedang curian dan seorang buronan terkenal dituntun ke seorang putri bangsawan remaja yang terburu nafsu dan memiliki keterampilan fisik, yang berada di persimpangan jalan dalam hidupnya.

Enam bulan setelah peristiwa yang digambarkan dalam The Matrix, Neo telah terbukti menjadi pertanda baik bagi manusia bebas, karena semakin banyak manusia yang dibebaskan dari matriks dan dibawa ke Zion, satu-satunya benteng Perlawanan. Neo sendiri telah menemukan kekuatan supernya termasuk kecepatan super, kemampuan untuk melihat kode benda-benda di dalam matriks dan tingkat pra-kognisi tertentu. Namun sebuah berita buruk menghantam perlawanan manusia: 250.000 mesin penjaga sedang menggali ke Zion dan akan mencapai mereka dalam 72 jam. Saat Sion bersiap menghadapi perang pamungkas, Neo, Morpheus, dan Trinity disarankan oleh Oracle untuk menemukan Pembuat Kunci yang akan membantu mereka mencapai Sumber. Sementara itu mimpi berulang Neo yang menggambarkan kematian Trinity telah membuatnya khawatir dan seolah-olah itu belum cukup, Agen Smith entah bagaimana lolos dari penghapusan, menjadi lebih kuat dari sebelumnya dan telah menetapkan Neo sebagai target berikutnya.

Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.