シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。
砂漠の都アグラバー。貧しい若者アラジンは、泥棒と間違われていた娘ジャスミンを助け出し、代わりに捕まってしまう。なんとジャスミンは、王宮から抜け出してきた姫君だった。投獄されたアラジンは、王国乗っ取りを狙う大臣ジャファーの策略で、自由と引き換えに魔法のランプを探す旅に出発することになった。洞窟の奥でランプを発見したアラジンが偶然ランプをこすったところ、なんと中からランプの精ジーニーが現われた。
旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。
中学校最後の試合中に、自分の意思に反して矢を早く放ってしまう「早気」になった鳴宮湊は、弓道をやめることを決意。しかし風舞高校に進学後、コーチの滝川雅貴と運命的な出会いを果たし、弓道部に入部する。雅貴はコーチを務めながらも、自身の師匠に対する憎しみの感情をぬぐえずにいた。一方、湊の親友の竹早静弥は、湊にはもう自分は不要な存在だと思い始める。
シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。