山里に住む若者アシタカは、怒りと憎しみにより“タタリ神”と化した猪神から呪いをかけられてしまう。呪いを解く術を求めて旅に出るアシタカはやがて、西方の地で“タタラ”の村にたどり着く。エボシ御前が率いるその村では、鉄を造り続けていたが、同時にそれは神々の住む森を破壊することでもあった。そして、そんなタタラ達に戦いを挑むサンの存在をアシタカは知る。人の子でありながら山犬に育てられた彼女は“もののけ姫”と呼ばれていた。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

新宿の裏通り界隈を根城にするホームレスの中年男性ギン、オカマのハナ、家出娘のミユキはクリスマス・イヴの夜、ゴミ置き場に捨てられた赤ん坊を発見。ギンは赤ん坊を警察に届けようとするが、子どもを育てることが夢だったハナは赤ん坊を勝手に《清子》と命名し、自分たちで親探しをしようと決める。だが、手がかりになりそうなものは赤ん坊と一緒にあったわずかな写真と名刺だけ。翌日、3人は写真の場所を探して歩き回る。

老夫婦のジムとヒルダは、イギリスの片田舎で年金生活をおくっていた。しかし、世界情勢は日に日に悪化の一途をたどっていく。ある日、東西陣営による戦争が勃発したことを知ったジムとヒルダは、政府が発行したパンフレットに従い、保存食の用意やシェルターの作成といった準備を始める。 そして突然、ラジオから3分後に核ミサイルが飛来すると告げられる。命からがらシェルターに逃げ込んだジムとヒルダは爆発の被害をかろうじて避けられたが、互いに励まし合いながらも放射線によって蝕まれ、次第に衰弱していく。

宝町で暮らす親を知らない少年クロとシロ。町で“ネコ”と呼ばれるふたりは、かつあげやかっぱらいで暮らしていた。その町で“子供の城”の建設話が持ち上がる。しかし、それは古めかしい宝町を近代化して支配しようとするヤクザの仕業。昔気質のヤクザのネズミは反対するが、彼のボスは謎の男“蛇”にこの計画を一任していた。残酷な蛇はクロとシロを邪魔者だと判断し、刺客をおくる。ケンカでは誰にも負けない凶暴なクロだったが、刺客の前では手も足も出ない。そして追いつめられたシロは刺されてしまう…。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学３年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また２人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

ギャラクシーポリス本部で服役していた凶悪犯、禍因が脱走した。同じ頃、過去の時間軸に変化が起こり、その影響で天地の体が消えかかってしまう。時間軸を元に戻すべく、天地たちは過去にタイムスリップする。