人々が謎の闇によって次から次へと命を奪われ、社会が崩壊してから5年。ここまで生き延びてきた母親は2人の子供を連れて、見えない恐怖と戦いながら安住の地を目指す危険な旅に出る。

人ももののけも同じ闇の中で呼吸をしていた平安時代。都の陰陽師である安倍晴明は、友人の源博雅から夜毎に自分の笛を聴きに来る牛車の女性の話をもちかけられる。そんな中、生まれたばかりの帝の子・敦平親王の身体に異変が起きる。