Δύο αδελφές με τον πατέρα τους, μετακομίζουν στην εξοχή για να είναι πλησιέστερα στο νοσοκομείο που νοσηλεύεται η μητέρα τους. Εκεί θα ανακαλύψουν ότι τα δέντρα της περιοχής κατοικούνται από τους Τότορος, μαγικά πνεύματα του δάσους. Όταν η νεότερη από τις δύο το σκάσει από το σπίτι, η αδελφή της αναζητά βοήθεια από τα πνεύματα για να την βρει.

Η Άννα είναι ένα ανήσυχο, μοναχικό δωδεκάχρονο που κατοικεί στο Σαπόρο, μαζί με τους θετούς γονείς της, την Γιόρικο και τον σύζυγό της. Μετά από μια κρίση άσθματος στο σχολείο, οι γονείς της αποφασίζουν να την στείλουν να περάσει το καλοκαίρι στην εξοχή, σε συγγενείς της Γιόρικο που κατοικούν στην μικρή, παραθαλάσσια πόλη Κόυσιρο.

Μια μέρα, η Blanca, μια νεαρή γυναίκα σώζεται από τον Xuan, έναν κυνηγό φιδιών από το κοντινό χωριό. Εκείνη έχει χάσει τη μνήμη της και μαζί ξεκινούν ένα ταξίδι για να ανακαλύψουν την αληθινή της ταυτότητα. Στη πορεία όμως η σκοτεινή πλευρά του παρελθόντος της βγαίνει στην επιφάνεια με τη μοίρα ολόκληρου του κόσμου να κρέμεται από τα χέρια τους.

Ο Μίουτου είναι ένα πόκεμον που διαφέρει από τα υπόλοιπα. Στην πραγματικότητα είναι ο κλώνος του Μιού, όμως με την ίδια πανίσχυρη και ακατανίκητη δύναμη. Αρχικά οι άνθρωποι τον χρησιμοποιούν ως πειραματόζωο για το δικό τους συμφέρον λόγω της δύναμης του αλλά εκείνος επαναστατεί και καταστρέφει το εργαστήριο οπού βρισκόταν. Στην συνέχεια...

Λέγοντας "ναι" στην πρόσκληση ενός μυστήριου εκπαιδευτή, ο Ας, η Μίστι κι ο Μπροκ γνωρίζουν το Μιούτου, ένα κατασκευασμένο Πόκεμον που θέλει να δώσει μάχες.