Bertekad untuk membuktikan dirinya, Petugas Judy Hopps, kelinci pertama di kepolisian Zootopia, melompat pada kesempatan untuk memecahkan kasus pertamanya - bahkan jika itu berarti bermitra dengan penipu rubah Nick Wilde untuk memecahkan misteri.

Alex si singa adalah raja hutan kota, atraksi utama di Kebun Binatang Central Park, New York. Ia dan sahabat-sahabatnya—Marty si zebra, Melman si jerapah, dan Gloria si kuda nil—telah menghabiskan seluruh hidup mereka dalam kurungan yang menyenangkan di hadapan publik yang mengagumi dan dengan makanan yang disediakan secara teratur bagi mereka. Tidak puas untuk membiarkannya begitu saja, Marty membiarkan rasa ingin tahunya menguasainya dan melarikan diri—dengan bantuan beberapa penguin yang luar biasa—untuk menjelajahi dunia.

Versi Mel Brooks untuk kisah klasik Robin Hood: Pangeran John menekan rakyat, sementara Robin Hood mencuri dari yang kaya dan membagikan curian kepada orang miskin.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.