伝説の黄金郷エル・ドラドへの地図を手に入れたサギ師トゥリオとミゲール。憧れの地にたどり着くが、計画通りに事は運ばない...。

ゾーイ・ミラーは、ロマンチックな愛に興味がない。賢くコンピューター専攻のゾーイだが、学校のサッカースターであるザックが記憶喪失になり、ゾーイをガールフレンドと間違えたとき、彼女の人生は一変する。

ある日、生まれたばかりの双子の赤ん坊が人質事件に巻き込まれて離れ離れになった。28年後、兄のマーは将来を有望視された指揮者に、弟のジャッキーは、暗黒街の無頼になっていた。そんな二人が運命に翻弄されながら再開を果たす。そしてニューヨークから香港へと渡り、二人の出生の秘密にも関わる巨大な陰謀へと立ち向かうことになる。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

アイオワ州に住むウォレスはロンドンに住む弟のもとを訪れるが、多忙な弟は兄の相手をできず、やむを得ずウォレスを演劇体験型ゲームに参加させる。役者志望だったウォレスは大乗り気だが、彼が英国諜報部からの電話を取ったことで事態は思わぬ方向へ…。