モンスターズ株式会社は、住民全員がモンスターのモンスター・シティと呼ばれる町にあった。サリーと相棒のマイクら社員は毎晩町のエネルギー源である子どもたちの悲鳴を収集するために人間界へと出向いていたが、ある日、幼い女の子ブーが迷い込んで来る。何より人間の子どもに恐怖を抱いていたモンスターたちは、パニックに陥り……。

1910年、ロンドン。気難しい銀行家バンクスは、娘ジェーンと息子マイケルの教育のため、新しい家庭教師を探す。わんぱく盛りの子どもたちのせいで、家庭教師が居着かないのだ。そんなある朝、メリー・ポピンズと名乗る家庭教師の女性が傘を差して風に乗ってやって来る。優しくて楽しく、おまけに不思議な力を持ったメリーに子どもたちはたちまち夢中になる。だが、子どもを厳しくしつけたいバンクスはメリーが気に入らなかった。

チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。