In Noord-Korea vind in de nabije toekomst een militaire staatsgreep plaats. Voormalig leider van het land slaat samen met Eom Chul-Woo op de vlucht naar Zuid-Korea, vervolgens worden de twee landen nu geconfronteerd met een crisis.
Cameron Poe heeft lang in de gevangenis gezeten nadat er een dode viel in een poging zich te verdedigen. Nu mag hij vervroegd naar huis, maar hij zit wel op het vliegtuig waarmee de gevaarlijkste criminelen naar een nieuw type gevangenis worden gebracht.
Door jarenlange atoomproeven in de Stille Oceaan is een enorm beest ontstaan: Godzilla. Het meest legendarische filmmonster is wakker en stevent recht op New York City af! De Amerikaanse regering stelt direct een onderzoeksteam samen. Nick Tatopoulos (Matthew Broderick) maakt deel uit van dit team. Zijn taak: onderzoeken wat Godzilla naar New York City heeft gedreven. Nick gaat samen met het leger achter het enorme beest aan, met maar één doel: Godzilla vernietigen voordat hij alles en iedereen verplettert!
Florida 1835, de vriendschap tussen blanken en indianen zorgt wederom voor gewetensproblemen. Luitenant Lance Caldwell is een oude bekende van opperhoofd Osceola, maar op het strijdveld komen ze tegenover elkaar te staan.
Voor hun werk als journalisten reizen Clark Kent en Lois Lane naar Silsby om getuige te zijn van het boren van de diepste oliebron ter wereld. Maar de boor bereikt een onbekend ondergronds gebied waar kleine wezens leven die verborgen blijven, wachtend tot de nacht aanbreekt. De inwoners van Silsby, onder leiding van Luke Benson, zullen deze wezens aanvallen, hoewel ze onschadelijk zijn.
Majoor Murphy, een onderzoeker van het Amerikaanse leger, heeft een nieuwe opdracht gekregen. Sergeant Gammon wordt verdacht van het dealen van cocaïne vanuit zijn basis, en Murphy moet genoeg bewijsmateriaal verzamelen om Gammon en zijn hele operatie stop te zetten. Samen met zijn partner, luitenant Andrews, gaat de majoor undercover om de bende te infiltreren en uit te zoeken hoe ver deze activiteiten zich in de commandostructuur bevinden.
Het zou slechts een eenvoudige bevoorrading zijn die Thorne Sherman en zijn vriend Griswold naar het afgelegen eiland van de wetenschapper Craigis zouden brengen, maar omdat er een hevige storm op komst is, zitten ze al snel vast op het eiland met de geneticus, zijn dochter Ann, zijn licht dronken verloofde Jerry en Craigi's collega Baines. Craigis en Baines proberen het metabolisme van spitsmuizen te veranderen door het genoom van spitsmuizen te verstoren, zodat ze niet langer elke dag drie keer hun lichaamsgewicht hoeven te eten, in de hoop een methode te vinden om mensen aan te passen aan veranderende omstandigheden: minder lichaamsgrootte, minder voedselbehoefte.