For over 20 år siden kom romvesener fra verdensrommet til jorden. Men det gikk ikke som vi forventet. De var bare flyktninger fra en fjern, ødelagt verden som søkte ly. De ble installert i District 9 mens verdens nasjoner diskuterte hva som skulle skje med dem. Tålmodigheten er nå slutt. De fremmede skapningene er satt under kontroll av et privat selskap, som egentlig kun er interessert i å kunne aktivere skapningenes voldsomme våpen. Alle forsøk har så langt mislyktes, fordi det krever å ha skapningenes DNA. En av selskapets ansatte, Wikus, blir infisert med et virus som begynner å endre DNAet hans, og snart er jakten i gang etter denne mannen som kanskje kan gi tilgang til skapningenes hemmeligheter. Wikus har nå bare ett sted i hele verden å gjemme seg: District 9

Lilo og vennene hennes har fanget og rehabilitert alle Dr. Jumbas 625 eksperimenter. Alt ser ut til å være rolig, så Stitch, Jumba og Pleakley kan gå videre til mer rutinemessige oppgaver. Men den onde Dr. Hamsterviel hjelper uventet kaptein Gantu med å rømme fra fengsel. Hamsterviel tvinger Jumba til å utføre et nytt eksperiment, en ond tvilling til Stitch ved navn Leroy. Hamsterviel kloner også Leroy til en hel hær av onde krigere. Nå må Lilo ta alle de tidligere 625 eksperimentene til hjelp om hun skal ha noen sjanse til å beseire Dr. Hamsterviel.