Spenn deg fast for fart og spenning når en klassisk historie om vennskap, mot, og å finne seg selv, får en utrolig og futuristisk vri for en helt ny generasjon. Et hemmelig kart skaper en spennende skattejakt gjennom universet når unge Jim Hawkins og et merkelig mannskap ledet av den vågale kaptein Amelia setter ut i søken etter en formue. Om bord i en glitrende romgalleon møter Jim skipets kyborgkokk, John Silver, som lærer ham verdien med vennskap og kraften i drømmer. Jim slår seg snart sammen med sin sprøe robotvenn, B.E.N., og den formskiftende Morph for å oppdage en skatt større enn han hadde forestilt seg.
Det eksisterer en superhemmelig organisasjon et sted på kloden: "MIB" - deres jobb er å rapportere, undersøke, holde orden på, og, dersom det er nødvendig, eliminere utenomjordiske vesener som bor på vår egen planet (forkledd som mennesker). UFO-vitner er ofte rystet etter møter med disse superagentene, som er ganske enkelt kjent som Men in Black. To av de svartkledde agentene heter Kay og Jay, og det er disse to som finner ut at en intergalaktisk terrorist har annkommet jorden for å myrde to ambassadører fra to stridende solsystem. Kay og Jay må trå til for å forhindre at dette skjer, før det får fatale konsekvenser for Moder Jord!
Kvelden før Rob skal reise til Japan, ser han avskjedsfesten sin som en anledning til å innrømme sine egentlige følelser og knytte sammen et par løse tråder. Planen hans tar en uventet vri da en voldsom rystelse forstyrrer festen. Gjestene samler seg for å se nyhetsrapportene om et jordskjelv før de stormer til taket for å vurdere skaden. En ildkule eksploderer i horisonten. Så går strømmen. Forvirringen går over til panikk når festdeltakerne snubler seg gjennom mørklagte ganger og ut på gaten. Blant skrikene fra alle menneskene og et brøl fra et umenneskelig vesen må Rob og vennene hans krysse et landskap som er totalt endret, overtatt av noe utenomjordisk, skrekkinngytende, gigantisk…
Filmen utspilles i en amerikansk småby der innbyggerne byttes ut én etter én til følelseskalde kopier fra det ytre verdensrom. På den nedslitte skolen, Herrington High, er lærerne bitre og utbrente og skolens eneste stolthet er fotballaget. Men så begynner det å skje saker. Lærerne blir plutselig engasjerte og skoletrøtte elever begynner å lese. Men så begynner det å skje saker. Lærerne blir plutselig engasjerte og skoletrøtte elever begynner å lese. Noen elever innser at det må være romvesener som har tatt over lærernes og kompisenes kropper og de beslutter å ta opp kampen mot inntrengerne.
En meteoritt lander på et lite sted på den amerikanske landsbygda og den blir funnet av en forbipasserende mann som blir smittet av en parasitt som sakte, men sikkert forvandler han til et grotesk monster. Snart har den også spredt seg til andre byer.
Under et rutineoppdrag oppdager Agent J (Will Smith) en djevelsk plan av det onde monsteret Serleena (Lara Flynn Boyle), som er forkledd som sexy undertøysmodell. Da Serleena tar hele MIB-bygningen som gissel, søker Agent J hjelp hos sin gamle makker, Agent K (Tommy Lee Jones), som nå arbeider på et postkontor, og har fått slettet alle minnene om sin tid som MIB. Sammen må de kjempe for å redde Jorden, galaksen og MIB fra universets skumle slyngler. Heldigvis har de med seg mye ammunisjon.
Menneskelig romforskning har blant annet bestått i å sende signaler ut i verdensrommet. En vakker dag kommer det en respons, nærmere bestemt en DNA-kode og en forespørsel om å forbinde den med vår egen. Doktor Xavier Fitch utfører operasjonen, og resultatet blir den vakre kvinnen "SIL". Gradvis utvikler hun seg i en lite hyggelig retning, og oppfører seg mer og mer som et monster fra det ytre rom. Hvilket hun også er, og hennes eksistens truer vår egen. Et kobbel med spesialister får dermed oppdraget å tilintetgjøre henne, noe som viser seg å være en svært utfordrende oppgave.
Gillian Anderson og David Duchovny samarbeider igjen for å løse en underlig sak av den typen som havner i X-arkivet. I en nifs og villedende stillhet blir FBI-agent Monica Bannan bortført. Jakten på den forsvunne kvinnen fører ikke bare til gnister mellom partnerne Scully og Mulder. Den krysser også grensene mellom vitenskap, det overnaturlige og det nifse tomrommet derimellom.